Il contre-attaqua les forces de la Ligue à la bataille de Saint-Symphorien en 1589 et, fait prisonnier, fut détenu à Château-Giron puis au château de Nantes, d'où il s’évada pour rejoindre l’armée du roi à Dieppe. Après la bataille d'Ivry, il prit le commandement de la cavalerie du roi au siège de Paris en 1590, et prouva sa valeur militaire aux sièges de Chartres (1591) et de Rouen (1592). Après un éphémère ralliement à la cause de son demi-frère le Cardinal de Bourbon, lequel fomentait un troisième parti au sein du royaume (en marge de la Ligue et des partisans d’Henri de Navarre), Charles de Bourbon assista au couronnement d’Henri en 1594. Il fut un collaborateur sûr d’Henri IV lors du siège de Laon[1],[2] ()[3]. Une fois la paix conclue avec l’Espagne, il prit le commandement des troupes royales dans les guerres de Savoie en 1600[4].
Charles de Bourbon, comte de Soissons, fut le grand amour de sa cousine Catherine de Navarre, sœur d'Henri IV. Le roi ne voulut finalement pas entendre parler d'un mariage qui n'apportait aucun avantage diplomatique. Pendant plusieurs années, Charles et Catherine tentèrent vainement de fléchir Henri IV, et Catherine de son côté refusa tous les autres prétendants. Finalement, elle dut céder aux ordres de son frère en épousant en 1599 le fils aîné du duc de Lorraine, Henri, duc de Bar.
Charles épousa le 17 décembre 1601 Anne de Montafié dame de Lucé, née en 1577 et morte le (fille de Ludovic, comte de Montafié, et de Jeanne de Coesme, qui elle-même s'était remariée avec François, demi-frère de Charles), dont il eut :
Charles eut aussi des enfants illégitimes, nés de sa relation avec Anne-Marie Bohier, fille d'Antoine, seigneur de la Rochebourdet:
Charlotte Ire de Bourbon-Soissons (confiée aux sœurs de Fontevraud le 3 juillet 1603-1626) est une fille légitimée de Charles de Bourbon élevée à l'abbaye de Fontevraud jusqu'à son élection comme abbesse de Maubuisson en 1622. Dès son arrivée, elle eut à soutenir un long procès contre Angélique d’Estrées qui voulait reprendre sa place[8]. Elle fut inhumée au milieu du chœur de l'abbatiale sans inscription ni gravure[9].
↑Père Anselme, Histoire Généalogique et Chronologique de la Maison Royale de France, Compagnie des Libraires, Paris, 1726, « Ducs de Bourbon : Comtes de Soissons ».
↑A. Demarsy, Les abbesses de Maubuisson, Paris, Libr. Hérald. J.-B. Dumoulin, (lire en ligne)
↑Marie-Christine Pénin, « Abbaye de Maubuisson », sur Tombes et sépultures dans les cimetières et autres lieux (consulté le )
↑Louis Moreri, Le grand dictionnaire historique ou le mélange curieux de l'histoire sacrée et profane, Amsterdam, Compagnie des libraires, , chap. 1, p. 132