De 2001 à 2004, il effectue une recherche postdoctorale à la Hamburger Stiftung zur Förderung von Wissenschaft und Kultur. Chercheur associé à l’IHTP, il est coresponsable et coordinateur scientifique du groupe de travail « Violence de guerre, approches comparées sur le XXe siècle » (Historial de la Grande Guerre/IHTP) et coordinateur en France du projet « Borderlands. Identity, ethnicity and violence in the Shatter zone of Empires 1848-1945 » (en collaboration avec l'université Brown, l'université du Minnesota, l'université Stanford et le Simon-Dubnow-Institut(de) à Leipzig). Il poursuit ses travaux au Hamburger Institut für Sozialforschung(de) avec un projet : « Vers une histoire culturelle de la violence nazie. Le cas de la politique de lutte contre les partisans. Fronts de l’Est (Pologne, URSS, Balkans) 1939-1945 ».
En juin 2008, il succède à Fabrice d'Almeida en tant que directeur de l’Institut d’histoire du temps présent. À la fin de ce mandat, en décembre 2013, il est remplacé par Christian Delage.
Les chasseurs noirs - Essai sur la Sondereinheit Dirlewanger[4],[5], Paris, Éditions Perrin, 2006.
(Traduction en anglais) The SS Dirlewanger Brigade: The History of the Black Hunters, traduction du français par Phoebe Green, Skyhorse publishing, 2011, 272 p.
(Traduction en polonais) Czarni mysliwi Brygada Dirlewangera, Czarne, 2011, 304 p.
(Traduction en tchèque) Černí lovci: dosud neodhalené zločiny speciální bojové jednotky SS Dirlewanger, Víkend, 2009, 252 p.
Croire et détruire : les intellectuels dans la machine de guerre SS, Paris, Fayard, 2010[6].
(Traduction en allemand) Hitlers Elite: die Wegbereiter des nationalsozialistischen Massenmords, traduction du français par Enrico Heinemann et Ursel Schäfer, Bundeszentrale für Politische Bildung, Bonn, 2012, 569 p.[7],[8]
(Traduction en italien) Credere, distruggere. Gli intellettuali delle SS, Einaudi, 2012, 408 p.
(Traduction en anglais) Believe and Destroy: Intellectuals in the SS War Machine, Polity, 2013, 432 p
(Traduction en portugais) Crer e destruir. Os intelectuais na maquina de guerra da SS nazista, traduction du français par André Telles, Zahar, 2015, 480 p.
(Traduction en espagnol) Creer y destruir. Los intelectuales en la máquina de guerra de las SS, traduction du français par José Ramón Monreal. Acantilado, 2017, 624 p.
Le nazisme et la guerre, Reims, Éditions Le clou dans le fer, 2011.