Clipse commence sa carrière en 1993 lorsque les deux rappeurs rencontrent Pharrell Williams, l'un des membres du collectif The Neptunes. Très impressionné par leur style, Pharrell commence à travailler avec eux. Il les aide notamment à signer avec Elektra Records en 1997. Sur ce label, ils enregistrent leur premier album, Exclusive Audio Footage, entièrement produit par les Neptunes. Leur premier single, The Funeral, contribue à la notoriété de leur album, mais Elektra ne le commercialise finalement pas et met rapidement un terme à leur contrat[1],[2].
Lord Willin' (2000–2002)
Dès 2001, Pharrell Williams signe le duo au label Arista Records à travers sa toute nouvelle maison de production, Star Trak Entertainment. Le duo fait alors ses débuts commerciaux, avec l'album Lord Willin' le . L'album se classe directement à la première place du Top R&B/Hip-Hop Albums[3], aidé par les deux premiers singles, Grindin' et When the Last Time, qui atteignent respectivement les 30e et 19e places du Billboard Hot 100[3]. Ma, I Don't Love Her avec Faith Evans ne connaît pas le même succès : il n'a jamais dépassé la 86e place de ce même classement. Malgré cela, le (seulement un mois après sa sortie) Lord Willin' est certifiédisque d'or[4]. La même année, Clipse participe au tube de Justin Timberlake, Like I Love You, également produit par les Neptunes.
Hell Hath No Fury (2003–2006)
Fin 2003, Clipse commence à enregistrer son deuxième album studio, Hell Hath No Fury. Cependant, sa réalisation est retardée quand, en 2004, Arista Records fusionne avec Jive Records, élément d'une plus grande fusion entre Sony Music Entertainment et BMG. En raison de clauses ambigües de son contrat, Clipse est forcé de rester chez Jive, alors que Star Trak et les autres vont chez Interscope Records. Tandis que le duo reprend le travail sur l'album, presque achevé, il rencontre des problèmes avec Jive, qui privilégie la pop. Hell Hath No Fury en subit alors les conséquences et accuse beaucoup de retard dans sa réalisation. Le retard s'accumulant, les deux rappeurs demandent à modifier leur contrat. Jive refuse et le duo ne peut rien faire. Le malaise s'installe, Clipse réalise alors la mixtape controversée We Got It 4 Cheap. Elle inclut les participations de deux rappeurs de Philadelphie, Ab-Liva, un ami de longue date (de Major Figgas) et Sandman, connu par le groupe The Re-Up Gang.
Le , Clipse parvient enfin à un accord avec Jive Records pour produire son album sous son propre label, Re-Up Records[5]. Malgré deux nouveaux reports de sortie (à la base le 29 août, puis 31 octobre), Hell Hath No Fury sort finalement sorti le . L'album contient les tubes Mr. Me Too avec Pharrell Williams et Wamp Wamp (What It Do) avec Slim Thug. Alors que l'album reçoit de bonnes critiques, les ventes restent faibles (78 000 ventes la première semaine), conséquences de la disparition du duo pendant quatre ans, le manque de diffusion en radio des deux singles et les paroles très dures et la ressemblance entre Hell Hath No Fury et Lord Willin.
Columbia Records et séparation (2007–2014)
Dans une interview donnée à Eye Weekly le , le duo annonce officiellement la rupture de son contrat avec Jive Records. Selon Malice, les deux rappeurs sont en discussion avec plusieurs labels désirant les signer, mais sans préciser lesquels. En , le groupe sort l'album Til the Casket Drops en partenariat avec Columbia Records. Pour la première fois, l'album ne contient pas seulement des productions des Neptunes : Sean C et LV du collectif The Hitmen et DJ Khalil produisent quelques titres. L'album ne marche pas aussi bien que les précédents, atteignant seulement la 46e place du Billboard 200[6].
En , Malice annonce que son frère et lui sortiront des albums solos[7]. En , Pusha-T confirme sur MTV qu'il vient de signer sur le label de Kanye West, GOOD Music[8]. Il collabore d'ailleurs avec Kanye West pour le titre Runaway, deuxième single de l'album My Beautiful Dark Twisted Fantasy.
No Malice annonce lors du SXSW 2014 qu'il n'y aura plus d'album de Clipse[9].