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Cunégonde et son frère Maximilien sont les seuls enfants survivants de l'empereur Frédéric III et de son épouse Éléonore de Portugal. Sa mère est morte lorsqu'elle avait deux ans. Elle passe son enfance aux résidences de Wiener Neustadt et de Graz où elle a bénéficié d'une formation complète. En 1470, le roi de HongrieMathias Corvin demande sa main, mais l'empereur refuse.
La statue de Cunégonde à la Hofkirche d'Innsbruck.
Sa première apparition en accompagnant son père remonte à 1480, date à laquelle le fief de Bavière-Landshut a été formellement accordé au nouveau duc bavarois Georges à Vienne. Pendant les conflits armés avec Mathias Corvin, Frédéric III envoie sa fille à la cour de son cousin Sigismond d'Autriche à Innsbruck. Là, elle rencontre le duc Albert IV de Bavière-Munich, de 18 ans son aîné. Le duc espère l'épouser pour accroître son pouvoir en Bavière. Cependant, après avoir occupé la ville libre de Ratisbonne, c'est contre la volonté de l'empereur que le mariage est célébré avec ruse au Hofburg d'Innsbruck le . Grâce à la médiation de son frère Maximilien, Cunégonde et son mari ne sont pas au mis au ban de l'Empire. Néanmoins, la réconciliation n'a lieu qu'en 1492.
Au cours de la guerre de Succession de Landshut, à partir de 1503, Albert IV devient le premier duc de la Bavière réunifiée. À la mort de son mari, Cunégonde exerce la corégence du duché jusqu'à la majorité de ses fils Guillaume IV et Louis X. Par la suite, elle quitte la cour, mais conserve une certaine influence sur la politique de la Bavière, en obtenant notamment des mesures favorables à ses autres enfants. Elle reste jusqu'en 1508 – date à laquelle elle se retire au couvent de Püttrich à Munich – en relations suivies avec son frère Maximilien Ier, empereur romain germanique, et d'autres souverains d'Europe.
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre est strictement chronologique et défini par la date de naissance.
