Troisième fille et septième des dix enfants du grand-duc Ferdinand IV de Toscane (1835-1908) et de sa seconde épouse la princesse Alice de Bourbon-Parme (1849-1935), Margaretha de Habsbourg-Toscane naît à Salzbourg, le [1]. Lorsqu'elle naît, son père a déjà été déchu de son trône en 1860 et vit avec sa famille en Autriche-Hongrie, parfois à Lindau, mais essentiellement à Salzbourg où Margaretha passe son enfance et sa jeunesse[2].
Lorsque le , son père meurt à Salzbourg, laissant sa mère Alice veuve, Margareta et ses sœurs célibataires Germana et Agnès-Marie, s'installent avec elle à Schwertberg en Haute-Autriche en 1918, après la fin de la Première Guerre mondiale et la fin de la monarchie austro-hongroise[3]. En 1919, elle effectue une déclaration de renonciation à ses droits d'archiduchesse afin de pouvoir continuer à résider en Autriche[3].
Margaretha de Habsbourg-Toscane demeure célibataire et meurt au château de Schwertberg, le , à l'âge de 83 ans. Elle est inhumée au cimetière de Schwertberg[1],[4].
Nicolas Énache, La descendance de Marie-Thérèse de Habsburg, Paris, Éditions L'intermédiaire des chercheurs et curieux, , 795 p. (ISBN978-2-908003-04-8)..
Jacques Parisot et Nelly Parisot, La descendance de François-Joseph Ier empereur d'Autriche, Besançon, Éditions Christian, , 141 p. (ISBN978-2-86496-014-0).
Jean-Fred Tourtchine, Les Manuscrits du CEDRE : L'Empire d'Autriche, vol. III, t. 11, Clamecy, Imprimerie Laballery, , 265 p..
(de) Brigitte Hamann, Die Habsburger : Ein biographisches Lexikon, Carl Ueberreuter, , 447 p. (ISBN978-3800032471).
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre est strictement chronologique et défini par la date de naissance.
