Le film explore le corps humain à travers des représentations de chirurgies et d'autopsies dans plusieurs hôpitaux de la région parisienne, y compris des séquences en gros plan de l'intérieur du corps humain.
L'idée de De Humani Corporis Fabrica vient du constat que la médecine moderne s'est approprié les techniques du cinéma afin de perfectionner les interventions chirurgicales, des caméras étant de plus en plus utilisées à cette fin[8]. Il est en particulier question de l'endoscopie chirurgicale, une méthode d'exploration visuelle de l'intérieur (endon en grec) d'une cavité inaccessible à l'œil utilisée pour l'intervention chirurgicale. L'instrument utilisé, appelé endoscope, est composé d'un tube optique muni d'un système d'éclairage. Lorsqu'il est couplé à une caméra vidéo, il peut retransmettre l'image sur un écran.
Des images authentiques de cœlioscopie ont alors été récupérées et intégrées au film.
Les réalisateurs ont expliqué que leur rencontre avec François Crémieux, qui à l’époque était le directeur de cinq hôpitaux du Nord de Paris, a été décisive pour la réalisation du film et l'attribution d'autorisation à filmer au sein d'hopitaux de la région parisienne[8].