Reyntjens est spécialiste de l'Afrique subsaharienne, et notamment du Rwanda, premier pays sur lequel il a travaillé et auquel il consacre toujours une grande part de ses publications. Ses recherches portent principalement sur le droit constitutionnel, les politiques de développement et l'histoire de l'Afrique des grands lacs.
Reyntjens dirige une publication annuelle, Afrique des grands lacs : annuaire, publiée par les éditions de L'Harmattan.
Controverses
Dès 1990, Reyntjens critique fortement les thèses de Jean-Pierre Chrétien et son « école franco-burundaise ». Il les accuse notamment de minimiser à outrance l'existence des ethnies, d'appliquer au Rwanda les schémas du Burundi et de refuser tout débat, notamment en dénigrant leurs contradicteurs et en les accusant d'être racistes ou sympathisants des extrémistes hutus.
À propos du génocide des Tutsi au Rwanda, Reyntjens modifie progressivement ses positions au cours du temps, atténuant ses critiques contre la France et insistant davantage sur les responsabilités du Front patriotique rwandais, dont il a d'ailleurs dénoncé les crimes dès 1995. Reyntjens qualifie Paul Kagame de « plus grand criminel en fonction »[6]. Tout en critiquant certains aspects du livre Noires fureurs, blancs menteurs de Pierre Péan[7], il considère que son enquête sur les réseaux pro-FPR en France et en Belgique est sérieuse et tout à fait intéressante[réf. nécessaire].
En 2017, la publication de son livre Le génocide des Tutsi au Rwanda dans la prestigieuse collection Que sais-je ?, déclenche une polémique dans le milieu universitaire, principalement à cause du chapitre sur les guerres du Congo. Reyntjens est accusé de surinterpréter le rapport Mapping de l'ONU et de reprendre sans réserve la thèse du double génocide faisant le jeu des négationnistes du génocide tutsi au Rwanda[8]. Sébastien Jahan qualifie le livre de « malhonnête »[9].
En 2021, Reyntjens critique le livre de Patrick de Saint-ExupéryLa traversée - Une odyssée au cœur de l'Afrique. Il y voit un manque de méthodologie et un biais idéologique servant une propagande pro-Kigali[10].
Burundi 1972-1988 : continuité et changement, Cahiers du CEDAF, 1989
Bibliographie de droit rwandais, Kigali-Bruxelles, Faculté de droit du Rwanda-Bruylant, 1993
L'Afrique des Grands lacs en crise : Rwanda, Burundi : 1988-1994, Paris, éditions Karthala, 1994
Rwanda : trois jours qui ont fait basculer l'histoire, Bruxelles-Paris, Institut africain-L'Harmattan, « Cahiers Africains », 1995
L'Afrique des grands lacs : annuaire, annuel, depuis 1996.
La guerre des Grands lacs ; alliances mouvantes et conflits extraterritoriaux en Afrique centrale, éd. de L'Harmattan, 1999
Rwanda, éd. de L'Harmattan, 2000
(en) Filip Reyntjens, The Great African War: Congo and Regional Geopolitics, 1996-2006, Cambridge University Press, (ISBN978-0-521-11128-7)
La grande guerre africaine : instabilité, violence et déclin de l'État en Afrique centrale (1996-2006), « Le bruit du monde », Les Belles Lettres, 2012
(en) Filip Reyntjens, Political Governance in Post-Genocide Rwanda, Cambridge University Press, (ISBN978-1-107-04355-8)
Le génocide des Tutsi au Rwanda, PUF, collection Que sais-je, 2017
↑(en) Johan Pottier, « Filip Reyntjens, Pouvoir et droit au Rwanda: droit public et évolution politique, 1916–1973. Tervuren: Musée Royal de l'Afrique Centrale, 1985, 584 pp. », Africa, vol. 59, no 3, , p. 429–431 (ISSN1750-0184 et 0001-9720, DOI10.2307/1160264, lire en ligne, consulté le )
↑(en-US) « Filip Reyntjens », sur The Strauss Center (consulté le )
↑AP, « Rwanda : la condamnation de Pierre Péan requise », Nouvel obs, (lire en ligne) :
« [...] assertions brutales et péremptoires sur un thème qu'on doit aborder avec prudence »
↑Alain Gabet et Sébastien Jahan, « Quand la boussole perd le nord: « Que sais-je ? » sur le génocide des Tutsi du Rwanda », Cahiers d’histoire. Revue d’histoire critique, no 139, , p. 171–193 (ISSN1271-6669 et 2102-5916, DOI10.4000/chrhc.7463, lire en ligne, consulté le )
↑Sébastien Jahan, « Patrick de Saint-Exupéry, La Traversée. Une odyssée au cœur de l’Afrique », Cahiers d’histoire. Revue d’histoire critique, no 152, (ISSN1271-6669, DOI10.4000/chrhc.18693, lire en ligne, consulté le )