Les pilotes prenant part aux essais avec le SREC sont signalés par la mention SREC.
Les pénalités données par la FIA sont infligées chronologiquement : le premier pilote sanctionné perd cinq places et une nouvelle grille est établie. Le second pilote sanctionné perd aussi cinq places, une nouvelle grille est calculée et ainsi de suite.
Mark Webber est sorti de la piste lors de la troisième séance d'essais libres. Cette sortie de piste a gravement endommagé le fond plat de sa monoplace, ce qui l'a empêché de participer aux qualifications et conduit son écurie à changer son châssis : il s'élancera depuis la depuis la voie des stands[2].
Adrian Sutil (4e temps des qualifications), Fernando Alonso (12e temps des qualifications), Rubens Barrichello (5e temps des qualifications) et Jenson Button (7e temps des qualifications) sont pénalisés d'un recul de cinq places chacun pour n'avoir pas ralenti suffisamment sous drapeau jaune lors de l'accident de Buemi lors de la Q3. À la suite des nombreuses pénalités, Sutil s'élance de la 8e place, Barrichello de la 6e place, Button de la 10e place et Alonso de la 16e place[2].
Sébastien Buemi, auteur du dixième temps des qualifications est sanctionné d'un recul de cinq places sur la grille de départ pour avoir gêner les autres voitures. À la suite des nombreuses pénalités, il s'élance de la treizième place[2].
Vitantonio Liuzzi, auteur du dix-neuvième temps des qualifications, est pénalisé d'un recul de cinq places après un changement de boîte de vitesses mais cette sanction ne change pas sa position sur la grille puisque Mark Webber s'élance des stands[2].
Heikki Kovalainen, auteur du neuvième temps des qualifications, est pénalisé d'un recul de cinq places après un changement de boîte de vitesses. À la suite des nombreuses pénalités, il s'élance de la onzième place de la grille[2].
Timo Glock, victime d'un accident lors de la Q2, doit déclarer forfait en raison d'une blessure la jambe. Toyota dépose une demande de remplacement dérogatoire auprès de la FIA pour le remplacer par leur troisième pilote Kamui Kobayashi. L'institution rejette la demande car le Japonais n'a pas piloté lors des essais libres le samedi, condition obligatoire pour qu'une telle demande soit accepté (il n'a pris le volant que le vendredi en raison de la maladie de Glock). Par conséquent il n'y aura que dix-neuf pilotes sur la grille de départ[3].
La grille de qualification du Grand Prix du Japon 2009.
Les pilotes prenant part à la course avec le SREC sont signalés par la mention SREC.
Dix-neuf pilotes seulement sont au départ sous un ciel bleu et des températures de 26° dans l’air et 40° sur la piste. En effet, Timo Glock, en raison de sa brutale sortie de piste en qualification, a déclaré forfait. Mark Webber, accidenté durant les essais libres prend quant à lui le départ depuis la voie des stands. Après de longues tergiversations dues aux nombreux incidents en qualification, la grille de départ n’a rien à voir avec le résultat des qualifications. Sebastian Vettel conserve néanmoins sa pole position devant Jarno Trulli, Lewis Hamilton et Nick Heidfeld.
Après cinq tours, Vettel mène devant Hamilton à 2 s, Trulli à 4 s, Heidfeld à 6 s, Räikkönen à 9 s, Barrichello à 10 s, Rosberg à 12 s, Kovalainen à 16 s, Sutil et Button à 17 s. Ces positions restent inchangées au dixième tour, mais Vettel domine maintenant Hamilton de 4 secondes et Trulli de 6 s. Dans le peloton, Sutil accentue sa pression sur Kovalainen pour le gain de la huitième place.
Après onze tours, Buemi est le premier à renoncer, en proie à des problèmes mécaniques avec sa Toro Rosso endommagée en qualifications. A l’entame du quatorzième tour, Sutil prend enfin le meilleur sur Kovalainen au freinage de la chicane, mais le Finlandais tape la Force India qui part en glissade : Kovalainen continue sa route alors que Sutil perd trois places.
Lewis Hamilton regagne les stands au quinzième tour pour ravitailler et mettre des pneus durs à la place des tendres. Trulli l’imite un tour plus tard, Vettel stoppant au début du dix-huitième tour. Malgré un long arrêt de plus de 12 secondes, il ressort en tête, juste devant Rosberg qui ne s’est pas encore arrêté. Hamilton se retrouve troisième, devant Trulli, Heidfeld, Kovalainen, Kubica, Räikkönen, Barrichello et Jaime Alguersuari.
A vingt tours du but, avant la deuxième vague d’arrêts, Vettel devance Hamilton de 6 s, Trulli de 10 s, Heidfeld de 18 s, Räikkönen de 20 s, Barrichello de 36 s, Rosberg de 40 s, Button de 41 s, Kubica 42 s et Kovalainen de 48 s. Räikkönen ravit alors la quatrième place à Heidfeld à l’issue des derniers ravitaillements et Trulli dépasse Hamilton pour le gain de la deuxième place. A huit tours de l’arrivée, Alguersuari se crashe violemment à la sortie du 130R et provoque la sortie de la voiture de sécurité.
La course est relancée à quatre tours du drapeau à damier, mais les positions n’évoluent pas. Vettel remporte son troisième succès de la saison et Trulli et Hamilton l’accompagnent sur le podium. Räikkönen devance Rosberg et Heidfeld tandis que Barrichello et Button inscrivent les derniers points en jeu.
Pole position et record du tour
Pole position : Sebastian Vettel (Red Bull-Renault) en 1 min 32 s 160 (226,836 km/h). Le meilleur temps des qualifications a également été réalisé par Vettel, lors de la Q2, en 1 min 30 s 341.
L'écurie Red Bull Racing passe la barre des 1000 km en tête de course (1198 km).
À la suite des nombreux incidents lors des qualifications, la FIA a fourni une grille de départ provisoire officielle seulement quatre heures avant le départ, puis une grille définitive une heure seulement avant le départ du Grand Prix.
Timo Glock, malade le vendredi puis blessé lors des qualifications le samedi, n'a pas pris le départ de la course. Il n'a pas pu être remplacé par Kamui Kobayashi, troisième pilote de l'écurie Toyota, car celui-ci n'a pas tourné lors de la seconde journée d'essais (il n'a pris le volant que le vendredi), condition indispensable pour pouvoir déposer une demande de remplacement dérogatoire auprès de la FIA. Seule la monoplace de Jarno Trulli représentait Toyota pour le Grand Prix national de l'équipe.