Il codirige avec Olivier Guyotjeannin la collection « L'Atelier du médiéviste » aux éditions Brepols. Il est membre du comité de rédaction de la revue L'Histoire.
De 2006 à 2011, il est directeur de l'École nationale des chartes. Depuis , il est rattaché au Centre de recherches historiques (École des hautes études en sciences sociales - Centre national de la recherche scientifique) à Paris.
Depuis , il est Président du conseil d'administration de l'École française d'extrême orient, Paris. Il est reçu en 2014 à l'Académie des sciences, belles-lettres et arts de Savoie, avec pour titre académique titulaire non résidant[1].
Publications
Guide du généalogiste et du biographe dans le Jura, CDDP du Jura, Dole, 1980 (avec Christian Rochet) (ISBN2-86039-000-6).
Catalogue des journaux et périodiques conservés dans le département du Jura, Archives départementales du Jura, Montmorot, 1981.
Saints et damnés : la Bourgogne du Moyen-Âge dans les récits d'Étienne de Bourbon, inquisiteur (1190-1261), Les Éditions du Bien Public, 1989 (ISBN2-905441-24-0).
Les Exempla médiévaux, GARAE-Hésiode, Carcassonne, 1992, (Directeur avec Marie-Anne Polo de Beaulieu) (ISBN2-906156-19-1).
Vies et légendes de Saint Bernard : création, diffusion, réception. Actes des rencontres de Dijon. 6 et , Cîteaux, Cîteaux, commentarii cistercienses, 1993, (avec Philippe Poirrier et Patrick Arabeyre).
Identifier sources et citations, Brepols, coll. « L'Atelier du médiéviste », Paris, 1994, (Directeur, ouvrage collectif) (ISBN2-503-50311-X).
Moines et religieux au Moyen Âge, Seuil, coll. « Points histoire », Paris, 1994, (Directeur, ouvrage collectif) (ISBN2-02-022685-5).
"Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens", la croisade contre les Albigeois vue par Césaire de Heisterbach, Loubatières, Toulouse, 1994 (ISBN2-86266-215-1).
Le Commentaire de documents en histoire médiévale, Seuil, Paris, 1996 (ISBN2-02-023126-3).
Catastrophes naturelles et calamités au Moyen Âge, Ed. del Galluzzo, Florence, 1998. (ISBN88-87027-19-6).
Les Exempla médiévaux. Nouvelles perspectives, H. Champion, Paris, 1998, (Directeur avec Marie-Anne Polo de Beaulieu) (ISBN2-85203-943-5).
Le Pays cathare. Les religions médiévales et leurs expressions méridionales, Seuil, coll. « Points histoire », 2000 (ISBN2-02-040435-4).
Stephani de Borbone Tractatus de diuersis materiis predicabilibus. Prologus. Pars prima, « de dono timoris », Brepols, Turnhout, 2002, (avec Jean-Luc Eichenlaub) (ISBN2-503-04241-4).
Stephani de Borbone Tractatus de diversis materiis predicabilibus. Tertia pars, « de dono scientie », Brepols, Turnhout, 2006 (ISBN2-503-04245-7).
Le Tonnerre des exemples. Exempla et médiation culturelle dans l'Occident médiéval, Presses universitaires de Rennes, Rennes, 2010, (Directeur avec Marie-Anne Polo de Beaulieu et Pascal Collomb) (ISBN978-27535-1220-7).
Collectio exemplorum Cisterciensis in codice Parisiensi 15912 asseruata, Brepols, Turnhout, 2012, (Directeur avec Marie-Anne Polo de Beaulieu) (ISBN978-2-503-54004-7).
Se donner à la France ? Les rattachements pacifiques de territoires à la France (XIVe – XIXe siècle) (direction de l'ouvrage avec Olivier Poncet), Paris, Publications de l'École nationale des chartes, coll. « Études et rencontres » (no 39), , 148 p. (ISBN978-2-35723-031-6, lire en ligne).
