Jean-Yves Empereur effectue des études de lettres classiques à l'université Paris-Sorbonne (DEA, CAPES) avant de réussir l'agrégation de lettres classiques en 1975. Il poursuit ses études en soutenant, en 1977, une thèse de doctorat en archéologie sur le commerce maritime à l'époque hellénistique[1].
Jean-Yves Empereur obtient en 1988 son habilitation à diriger des recherches et devient directeur de recherche au CNRS en 1990. Il fonde le Centre d'études alexandrines et dirige des fouilles archéologiques à Alexandrie.
La pression immobilière risquant de faire disparaître une grande partie de l'histoire antique de la ville, il s'attache à des fouilles terrestre en centre-ville ainsi que des fouilles sous-marines dans le bassin maritime de la baie. Son travail de fouilles et de recherches et l'exposition de ses travaux auprès des autorités permettent en 1994 de mettre fin à un projet de brise-lame bétonné qui aurait recouvert le site de l'ancien phare d'Alexandrie. Dès lors, des fouilles sous-marines plus approfondies sont entreprises. Il trouve avec son équipe de nombreux objets archéologiques : 5 000 blocs architecturaux, des colonnes, statues et une douzaine de sphinx[1].
Au delà de son activité archéologique, Jean-Yves Empereur, accompagne des doctorants en étant associé à l'École doctorale de l’Université de Lyon-2.
Jean-Yves Empereur mène des fouilles d'urgence en plein centre-ville d'Alexandrie en Égypte. La ville antique étant recouverte par la ville moderne, c'est au gré des chantiers de démolitions d'anciens bâtiments et de reconstruction que les fouilles deviennent possibles. Sur le terrain du Diana se trouve une villa romaine du IIe siècle, qui possède de magnifiques mosaïques.
En 1993, une digue doit être construite sur le site présumé du phare d'Alexandrie. Une opération de sauvetage lui est alors confiée avec Jean-Pierre Corteggiani et une trentaine de plongeurs afin d'entreprendre une campagne de fouille – avec l'aide déterminante de la cinéaste égyptienne Asmaa El-Bakri, passionnée de l'histoire antique de sa ville et active dans la réalisation de documentaires scientifiques archéologiques[3] – sur une zone d'environ 2,25 ha au nord-est du fort de Qait Bay.
Dès l'année suivante, puis 1995 et 1996, cette série de fouilles importantes dans le port d'Alexandrie, permet la découverte d'une grande quantité de vestiges archéologiques : 5 000 blocs architecturaux dont certains atteignent 75 tonnes, des colonnes, des chapiteaux, des statues brisées gigantesques, une douzaine de sphinx, sans oublier les traces évidentes du fameux phare (statues, fragments de pierres sculptées). Il a ainsi pu reconstruire virtuellement une porte de plus de douze mètres dont les linteaux et les traverses sont en granite d’Assouan ; les statues colossales représentant des rois ptolémaïques et des reines se trouvaient juste à côté de leur socle ; dans l’Antiquité, elles se trouvaient au pied du phare. Il espère que le site pourra être visité par des plongeurs amateurs désireux de voir les découvertes sous-marines.
En 1997, il est appelé en renfort le par le directeur des musées et des sites archéologiques d'Alexandrie, à la suite de la découverte par hasard en mars, lors de la construction de l'autopont qui doit relier le port ouest de la ville à la route du Caire, du site de la Nécropolis, la cité des morts d'Alexandrie. Le plan d'ensemble de la ville antique avec le tracé de ses artères apparaît alors, conforme à la trame des rues dessinée par Dinocrate de Rhodes, le premier architecte urbaniste.
En mai 1998, il est le commissaire général de l'exposition La gloire d'Alexandrie, au Petit-Palais à Paris, exposition présentant le résultat de ses travaux et de nombreuses pièces remontées des eaux.
Le , il reçoit le grand prix Explorations et voyages de découvertes de la Société de géographie.
Commerce et artisanat dans l'Alexandrie hellénistique et romaine, actes du colloque d'Athènes, 11-, bulletin de correspondance hellénique, no 33, diff. De Boccard, Paris, 1998;
Le Phare d'Alexandrie, la Merveille retrouvée, Gallimard, Paris, coll. « Découvertes Gallimard / Archéologie » (no 352), 2e édition, 2004, (ISBN2-07-030379-9) (Première parution en 1998).
Plus de nombreuses études et rapports de fouilles.
Filmographie
Gedeon Programmes a produit une trilogie de films documentaires, réalisés par Thierry Ragobert, sur le travail de Jean-Yves Empereur :
La septième merveille du monde (le Phare)
Alexandrie la magnifique
Les mystères d'Alexandrie
Jean-Yves Empereur a également entrepris des collections sur DVD, éditées par les éditions Harpocrate :
Collection Les grandes expéditions scientifiques du XIXe siècle (DVD-ROM) :
Volume 2. Monuments de l'Égypte et de la Nubie, suivi des Notices descriptives et des Lettres d'Égypte et de Nubie, par Champollion le jeune et Monuments Égyptiens, par Émile Prisse d'Avesnes
Volume 3. Voyage dans la Basse et la Haute Égypte pendant les campagnes du Général Bonaparte, par Dominique Vivant Denon
Volume 1. La presse francophone d’Égypte (réal. Raymond Collet)
Jeu vidéo
Jean-Yves Empereur aurait inspiré dans Tomb Raider : La Révélation finale (1999) le personnage répondant au nom de Jean-Yves, un archéologue français passionné et spécialiste de l’égyptologie qui aide Lara Croft dans son aventure en lui contant la légende de Seth[1].
Le véritable Jean-Yves Empereur fut mécontent de l'utilisation de son image sans son accord et obtint des excuses de la part d'Eidos, qui s'engagea à ne plus faire apparaître ce personnage à l'avenir[4]. Dans le jeu suivant, Tomb Raider : Sur les traces de Lara Croft, son personnage est remplacé par un nouveau du nom de Charles Kane. Les cinématiques du jeu étant déjà avancées au moment de l'affaire, l'équipe a dû modifier le modèle 3D du personnage et le re-texturer pour s'assurer d'éviter toute ressemblance.