Mais, à la fin de son règne, il prit ses distances avec la cour de France, d'abord parce qu'il devait lutter contre les grandes compagnies qui pillaient, entre autres, son duché, et d'autre part parce que les officiers royaux, en réglant des litiges entre le duc et la noblesse lorraine, tentaient de renforcer l'influence du roi, et il se rapprocha de Philippe II le Hardi, duc de Bourgogne. Il mourut à Paris le où il se trouvait pour défendre sa cause devant le Parlement de Paris, à la suite d'une accusation des habitants de Neufchâteau pour abus de pouvoir.
Mariage et enfants
Jean Ier et son épouse Sophie de Wurtemberg (XVIIe siècle)
