Après la guerre avec le Mexique, Brannan combat contre les Séminoles. Brannan reste alors dans le Sud-est, dans divers postes jusqu'au début de la guerre de Sécession.
Guerre de Sécession
Lors du déclenchement de la guerre de Sécession, Brannan est nommé brigadier général des volontaires et est placé à la tête du département de Key West. En , il combat lors de la bataille de Saint John's Bluff où il dirige les troupes d'infanterie lors de l'expédition sur le fleuve Saint Johns contre les positions confédérées pour le contrôle de Jacksonville, en Floride. Aussi dans le même mois, Brannan est placé à la tête du département du Sud (qui à l'époque était conjoint avec le commandement du Xe corps) après la mort d'Ormsby Mitchel. Il est breveté lieutenant-colonel pour son service au cours de la bataille de Jacksonville, en Floride. Il sert en tant que commandant du département jusqu'en .
Du jusqu'au , Brannan commande le district de Savannah et de la 1st division, du département de Géorgie, et du district de Savannah du au , et du département de Géorgie à partir du , au [3].
Après la guerre
Après la guerre de Sécession, Brannan quitte le service actifs des volontaires et retourne dans l'armée régulière avec le grade de commandant dans le 1st U.S. Artillery Regiment. Il est affecté dans des postes d'artilleur au fort Trumbull, Connecticut, au fort Wadsworth, New York, et à Ogdensburg, New York. Pendant qu'il est à Ogdensburg, il contribue à empêcher les raids des Fenians dans le Canada. En 1877, Brannan est à Philadelphie, en Pennsylvanie, où il aide à réprimer les émeutes du chemin de fer.
Brannan est transféré au 4th U.S. Artillery Regiment en 1877. Il prend sa retraite de l'armée avec le grade de colonel le . Il part ensuite pour New York City[2].
↑(en) Francis B. Heitman, Historical Register and Dictionary of the United States Army, from it's Organization, September 29, 1789, to March 2, 1903, Washington, Government Printed Office, (lire en ligne)
Eicher, John H., and David J. Eicher. Civil War High Commands. Stanford, CA: Stanford University Press, 2001. (ISBN0-8047-3641-3).
Hubbell, John T., James W. Geary, and Jon L. Wakelyn, eds. Biographical Dictionary of the Union: Northern Leaders of the Civil War. Westport, CT: Greenwood Press, 1995. (ISBN0-313-20920-0).