Nel 2002, dopo l'exploit con la nazionale senegalese, si trasferì al Birmingham City. Esordì in Premier League in casa dell'Arsenal, partita in cui fu espulso. Il 26 settembre 2002 Cissé perse svariati membri della famiglia nel naufragio del traghetto Joola, avvenuto al largo delle coste del Gambia. Giocò sino al febbraio 2003, quando rimediò un infortunio che lo tenne lontano dai campi fino alla fine della stagione. Meno fortunata fu per lui la stagione 2003-2004, trascorsa ai margini della squadra allenata da Steve Bruce.
Nell'agosto 2004 si trasferì al Portsmouth per 300 000 sterline, firmando un contratto biennale. Nel 2006 tornò al Sedan, nelle cui file militò fino al 2008. Chiuse la carriera nel 2008-2009 al Nîmes, in Ligue 2.
Nazionale
Nel 2000 esordì con la nazionale senegalese, in cui militò sino al 2005. Fu capitano del Senegal che impressionò favorevolmente al campionato del mondo 2002, dove raggiunse i quarti di finale. Nello stesso anno aveva ottenuto insieme ai compagni il secondo posto in Coppa d'Africa, alle spalle del Camerun. In totale ha totalizzato 37 presenze in nazionale.
Allenatore
Nel 2012 ha guidato il Senegal in coppia con Karim Séga Diouf. Dopo aver ricoperto il ruolo di assistente del CT del Senegal, ha assunto nuovamente le redini della nazionale A senegalese nel 2015. Ottenuta la qualificazione al mondiale di Russia 2018, ha debuttato con una vittoria contro la Polonia (2-1), ma il successivo pareggio (2-2) contro il Giappone e la sconfitta (1-0) nell'ultima partita contro la Colombia hanno causato l'eliminazione del Senegal al primo turno, per un maggiore numero di cartellini gialli e rossi rispetto ai nipponici. Nel 2019 ha portato la squadra al secondo posto nella Coppa d'Africa.
Il mondiale del Senegal è stato segnato dal passaggio del turno nel gruppo dei padroni di casa: la squadra di Cissé ha subito una sconfitta (0-2) all'esordio, contro i Paesi Bassi, poi con due vittorie contro i padroni di casa del Qatar (3-1) e l'Ecuador (2-1) ha portato i senegalesi per la seconda volta nella storia alla fase eliminazione diretta del mondiale, dove la squadra africana è stata sconfitta (0-3) ed eliminata dall'Inghilterra.
Statistiche
Cronologia presenze e reti in nazionale
Cronologia completa delle presenze e delle reti in nazionale ― Senegal