Dopo la decisione di interrompere la carriera agonistica come calciatrice Pustovojtova decide di conseguire la licenza di arbitro di calcio. Inizia ad arbitrare incontri nazionali, sia di campionato che di Coppa di Russia, passando a dirigere incontri a livello internazionale dal 2009, in occasione del torneo di calcio femminile della XXV Universiade.
Nel frattempo, dal 2012, la federazione russa la abilita a dirigere anche incontri di calcio maschile, facendo il suo esordio nel campionato russo il 23 marzo di quello stesso anno.[2] Selezionata per dirigere l'incontro tra le giovanili del CSKA Mosca e Lokomotiv Mosca, in quell'occasione Pustovojtova è costretta ad estrarre cinque cartellini gialli ed uno rosso, quest'ultimo a David Khurtsidze del CSKA per averle rivolto un commento osceno.[3].
Alla termine della stagione 2011-12 ha ricevuto nuovamente il premio "Il miglior arbitro della Russia tra le donne" dalla RFU[4]. Nel 2017 è nominata tra le 10 migliori arbitri donne dall'International Federation of Football History & Statistics.