Aniek Nouwen crebbe calcisticamente nello SV Deurne, trasferendosi al PSV nel 2016[1]. Nouwen ha disputato con il PSV cinque stagioni consecutive, nel corso delle quali ha giocato da titolare in difesa sin dalle prime partite in Eredivisie, la massima serie del campionato olandese, e totalizzando 101 presenze e 19 reti in campionato[2]. Nel 2021 è arrivata la vittoria del primo trofeo della carriera, grazie alla vittoria del PSV nell'edizione 2020-2021 della Coppa dei Paesi Bassi, primo trofeo anche per la sezione femminile del PSV[3].
Nel maggio 2021 Nouwen ha firmato un contratto triennale con la società inglese del Chelsea[4]. Nel primo anno al Chelsea ha vinto il campionato inglese e due FA Women's Cup. A metà gennaio 2023, dopo aver rinnovato il contratto con la società londinese, si è trasferita in prestito fino alla fine della stagione al Milan per giocare nella Serie A italiana[5].
Nazionale
Aniek Nouwen ha fatto parte delle selezioni giovanili dei Paesi Bassi, giocando undici partite con la selezione Under-17 e otto con la selezione Under-19, scendendo in campo nelle partite di qualificazione alle fasi finali dei campionati europei di categoria. Con la maglia della selezione Under-19 ha preso parte alla fase finale del campionato europeo 2017, nel quale i Paesi Bassi raggiunsero le semifinali. Nella terza partita della fase a gironi, terminata 3-3 contro l'Italia, Nouwen prima segnò un autogol a pochi minuti dall'inizio della partita e poi realizzò la rete del temporaneo 2-1[6].
A metà giugno 2021 Nouwen venne inserita nella rosa della nazionale dei Paesi Bassi in vista del torneo femminile dei Giochi della XXXII Olimpiade[9]. Nel corso della manifestazione olimpica ha giocato in tutte e quattro le partite disputate dai Paesi Bassi, sbagliando il tiro di rigore che ha decretato l'eliminazione delle oranje dai quarti di finale per mano degli Stati Uniti[10].