Elrio van Heerden ha cominciato la carriera nella scuola calcio del Copenaghen a Port Elizabeth, in Sudafrica. È arrivato in Danimarca nel 2002, dove ha passato i primi due anni in panchina. Ha effettuato il debutto nel 2004, in una partita contro l'Aalborg al Parken Stadium. Nella stessa partita, è andato in rete siglando il gol del pareggio, poco prima del fischio finale. Grazie a quella rete, il Copenaghen ha messo al sicuro la vittoria del titolo, arrivata la settimana dopo con il successo per quattro a due sul Nordsjælland.
Il 24 gennaio 2006, è passato al Club Brugge, dove ha passato tre anni e per cui ha segnato due reti in sessantasette apparizioni.