Nel 1469 suo padre, Gastone, fu nominato luogotenente del regno di Navarra al posto di sua nonna, Eleonora di Navarra.
Il 23 novembre del 1470, suo padre, Gastone morì, per le ferite, mal curate, riportate in seguito ad un torneo, effettuato nelle vicinanze di Bordeaux, a Libourne, dove era al seguito del cognato, il duca di Guienna, Carlo di Francia[1]. Francesco Febo, divenne erede della contea di Foix, che poi, ereditò, alla morte di suo nonno, Gastone IV di Foix, nel 1472.
Sua nonna Eleonora, nel 1471, riottenne da suo padre, il re d'Aragona, Giovanni II, la luogotenenza perpetua sulla Navarra, in cambio della rinuncia ad ogni rivendicazione sulla corona d'Aragona, per cui Francesco Febo divenne erede (principe di Viana) del regno di Navarra, che poi ereditò, alla morte di sua nonna, Eleonora di Navarra, nel 1479. Sua madre, Maddalena di Francia ebbe la reggenza[2], come già era stato per la contea di Foix.
Lo zio, Giovanni[16] avrebbe voluto succedere alla madre, ma il testamento di Eleonora era chiaro e la successione avvenne senza problemi.
Maddalena di Francia tenne la reggenza con fermezza, resistendo alle pressioni delle corti di Francia e di Castiglia che tentarono di fare sposare Francesco Febo ad una delle principesse delle rispettive case reali. Le pressioni esercitate dal re d'Aragona e re consorte di Castiglia, Ferdinando II, furono molte, anche perché una parte dei nobili navarresi lo appoggiava e si arrivò quasi ad una guerra civile[17], che fu sventata dall'intervento dello zio, Pietro[18], vescovo di Vannes e poi arcivescovo di Arles, il quale riuscì a mediare e mettere pace tra i due schieramenti[17].
Francesco Febo fu finalmente incoronato il 3 novembre 1481 a Pamplona[19] ma morì due anni dopo, molto probabilmente per avvelenamento, mentre suonava un flauto[17][19], senza aver governato e prima di potersi sposare. Egli, lasciò tutti i suoi possedimenti alla sorella minorenne, Caterina, avendo fatto testamento a suo favore[17][19], per cui la madre Maddalena continuò ad avere la reggenza.