Terzo figlio del duca Giorgio di Brunswick-Lüneburg e di sua moglie, la principessa Anna Eleonora di Assia-Darmstadt, Giovanni fu l'unico membro della sua famiglia a convertirsi al cattolicesimo: il fatto avvenne ad Assisi nel 1651, dopo aver assistito ad una messa di San Giuseppe da Copertino, durante il suo Grand Tour in Francia ed in Italia. Durante tale orazione vide comparire sull'ostia sollevata dal santo una croce nera.
Quando suo fratello Cristiano Ludovico morì nel 1665, egli ricevette il dominio di Calenberg, mentre suo fratello maggiore, Giorgio Guglielmo ereditò il principato di Lüneburg. Nel 1666, avviò la costruzione del castello di Herrenhausen presso Hannover, ispirato alla Reggia di Versailles, il quale divenne famoso per il suo splendido parco, il Giardino Herrenhausen. Fece costruire anche lo zoo di Kirchrode. La cappella del Leineschloss venne da lui fatta consacrare secondo il rito romano e fu Giovanni Federico a richiedere che i frati cappuccini tornassero ad Hannover. Per questo suo impegno a favore della chiesa cattolica e per opportunità di alleanze, Giovanni Federico venne sostenuto nel suo governo da finanziamenti provenienti dalla Francia di Luigi XIV che gli consentirono di avviare una corte prestigiosa ed elegante.
Nel 1676, Giovanni Federico assunse il filosofo e fisico tedesco Leibniz come Consigliere Privato e bibliotecario dell'importante biblioteca ducale. Da qui iniziò l'importante carriera di Leibniz con la Casa di Hannover che durò per quarant'anni.
Nel 1680, mentre si trovava in viaggio alla volta del suo quinto soggiorno in Italia, Giovanni Federico morì ad Augusta e venne poi sepolto nella cripta del castello di Leineschloss ad Hannover con un grandioso funerale di stato. Non avendo egli avuto eredi maschi, alla sua morte gli succedette il fratello minore Ernesto Augusto. Dopo la seconda guerra mondiale il suo corpo venne trasferito al Welfenmausoleum presso il castello di Herrenhausen.
Discendenza
Giovanni Federico e Benedetta ebbero quattro figli:
Jill Bepler, Ansichten eines Staatsbegräbnisses. Funeralwerke und Diarien als Quelle zeremonieller Praxis in Jörg Jochen Berns, Thomas Rahn (a cura di), Zeremoniell als höfische Ästhetik in Spätmittelalter und Früher Neuzeit. Tübingen 1995, ISBN 3-484-36525-0, p. 183–197
Waldemar R. Röhrbein, Die Schloßkirche wird katholisch in Hans Werner Dannowski, Waldemar R. Röhrbein (a cura di): Geschichten um Hannovers Kirchen. Studien, Bilder, Dokumente. Lutherhaus-Verlag, Hannover 1983, ISBN 3-87502-145-2, p. 166–169.
Annette von Stieglitz, Landesherr und Stände zwischen Konfrontation und Kooperation. Die Innenpolitik Herzog Johann Friedrichs im Fürstentum Calenberg 1665–1679. Hahn, Hannover 1994, ISBN 3-7752-5895-7