Hakan Balta ha iniziato a giocare nel 2005 nel Manisaspor. Nel settembre 2007 si è trasferito al Galatasaray come contropartita per l'acquisto di Ferhat Öztorun e i prestiti di Aydın Yılmaz e Anıl Karaer. Con il Galatasaray ha vinto due campionati turchi.
Molto riconosciuto per la sua costanza nella rosa principale del Galatasaray dal 16 settembre 2007, giorno dell'esordio con la maglia giallo-rossa contro il Konyaspor.
Il gol segnato all'ultima partita di campionato dell'anno in cui è arrivato al Galatasaray contro il Gençlerbirliği Oftaş è stato da record in quanto il pallone, invisibile nemmeno nel replay, viaggiava ad una velocità di 200,3 km/h.
Nella stagione 2011-2012 diventa un Vero Galatasarayiano, titolo messo dai tifosi giallo-rossi ai calciatori che segnano alla squadra rivale Fenerbahçe.
Con la Nazionale turca ha partecipato all'Europeo 2008, dove la Turchia è stata eliminata in semifinale dalla Germania, disputando tutte e 5 le partite della sua Nazionale.