Il Klubi Futbollistik Shkupi è stato costituito nel 2012 dalla fusione tra l'FK Albarsa e lo Sloga Jugomagnat, di cui lo Shkupi è considerato il club successore. Dal 2014 è presente anche una squadra di calcio a 5. Nel 2015-2016 la squadra esordisce nella Prva liga, la massima divisione del campionato macedone di calcio, e due stagioni dopo, grazie al quarto posto finale, si qualifica per l'Europa League. Nel 2021-2022 vince per la prima volta il campionato.