Nella stagione 2009-2010 il Taranto disputa il girone B del nuovo campionato di Prima Divisione, raccoglie 45 punti che valgono l'ottava posizione. Una stagione caratterizzata da quattro cambi di allenatore. Ottiene 23 punti nel girone di andata 2 22 nel girone di ritorno, con una regolarità di centroclassifica. Miglio realizzatore di stagione il siciliano Giorgio Corona autore di 8 reti in campionato. Nella Coppa Italia maggiore il Taranto esce nel primo turno, superato (1-3) dal Cosenza. Nella Coppa Italia di Lega Pro i rossoblù superano nel primo turno la Nocerina, nel secondo turno hanno la meglio sull'Aversa Normanna, mentre nel girone A del terzo turno, lasciano il passaggio al Cosenza.