La sera del 27 gennaio 1991 la residenza fu attaccata dagli oppositori di Barre, che si dette alla fuga[2]. Successivamente, nel corso della guerra civile, il palazzo fu posto sotto l'influenza del generale Mohammed Farah Aidid.
Nel 2007 il Presidente Abdullahi Yusuf Ahmed è tornato ad insediarsi presso Villa Somalia. Nel gennaio 2015, tuttavia, i costanti attacchi del gruppo terrorista Al-Shabaab hanno indotto il Presidente Hassan Sheikh Mohamud a stabilirsi fuori dal complesso residenziale.