За годы войны совершила пять боевых походов, в которых провела 101 сутки, произвела три торпедных атаки, повредила один транспорт — 27 сентября1942 года, одной торпедой с двух кабельтовых попала в Mittelmeer (6370 брт). Две другие атаки были произведены на следующий день, 28 сентября, одиночными торпедами по транспорту Hornum (1467 брт). После промахов С-9 всплыла и открыла артиллерийский огонь. После двух попаданий транспорт загорелся, и подлодка погрузилась, но экипаж транспорта сумел потушить пожар и спасти судно.
В один из походов командир лодки С. А. Рогачевский и вахтенные моряки были смыты волной с мостика рубки во время разыгравшегося шторма. Их тела обнаружены не были. На должность командира был назначен Александр Мыльников.
В пятый поход С-9 вышла 26 июля1943 года. 12 августа доложила о начале движения на базу, после чего пропала без вести. 4 сентября у острова Сескар было найдено тело старшего рулевого с С-9 К. Т. Дикого в спасательном аппарате ИСА-М.
Морозов М. Э., Кулагин К. Л. «Эски» в бою. Подводные лодки Маринеско, Щедрина, Лисина. — М.: Коллекция, Яуза, ЭКСМО, 2008. — 128 с. — ISBN 978-5-699-25627-3.
Платонов А. В. Энциклопедия советских подводных лодок 1941—1945. — М.: АСТ, 2004. — С. 237. — 592 с. — 3000 экз. — ISBN 5-17-024904-7.
Домошенкин С., Куликов С., Лепаев В. Шагнувшие в бессмертие. // Морской сборник. — 2019. — № 1. — С.86-93.
.svg){kind=small}