13—15 сентября 1941 года лодка была выведена из дока и перешла в Кронштадт, а 29 сентября — в Ленинград, где личный состав занимался боевой подготовкой. С декабря 1941 года по февраль 1942 года «С-13» находилась на судоремонте, в феврале — апреле 1942 года — на боевой подготовке. С мая по август 1942 года экипаж лодки отрабатывал задачи № 1 и 2 КПЛ-41 и отработку организации службы на реке Неве. 7 июня 1942 года на лодке поднят Военно-морской флаг СССР. 27 августа 1942 года лодка перешла из Ленинграда в Кронштадт.
20 апреля 1945 года, в день своего последнего выхода в боевой поход, подводная лодка «С-13» была награждена орденом Красного Знамени[1].
ПЛ «С-13» является единственной подводной лодкой серии «С», дожившей до Победы на Балтике[1].
Награды
20 апреля 1945 года — Орден Красного Знамени — награждена указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 апреля 1945 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом доблесть и мужество.
10 февраля 1945 года — потоплен немецкий транспорт «General Steuben» (14 660 брт).
Широкую известность «С-13» получила после потопления немецких транспортов «Вильгельм Густлофф» и «Генерал Штойбен», гибель которых вошла в ряд крупнейших морских катастроф.
30 января 1945 года советская подводная лодка «С-13», находясь под командованием капитана 3-го рангаАлександра Ивановича Маринеско, в 21:15 обнаружила шедшее в сопровождении эскорта транспортное судно «Вильгельм Густлофф» военно-морского флотанацистской Германии. Подводная лодка начала преследование вражеского судна и в 23:08 с дистанции 4,8 кабельтовых атаковала его тремя торпедами с надписями «За Родину!», «За советский народ!» и «За Ленинград!»[5] (четвёртая торпеда застряла в торпедном аппарате)[6]. Все три торпеды попали в цель, «Wilhelm Gustloff» получил сильные повреждения и затонул через 40 минут[7]. По современным оценкам, на судне погибло около 6000 человек.
918 матросов и офицеров 2-й учебной дивизии подводных сил,
3000 неустановленных лиц,
около 5000 беженцев (в том числе около 3000 детей, остальные в основном женщины).
Операции по потоплению транспорта «Вильгельм Густлофф» публицистами давались самые разные оценки: от героического подвига до массового убийства мирных жителей. По заключению Института морского права в немецком городе Киле, атака была правомерной:
— Из заключения Института морского права в немецком городе Киле[8].
В начале 2000-х годов бывший командир-подводник мирного времени, капитан 1-го ранга, автор документальной повести об Александре Маринеско «Личный враг Адольфа Гитлера» (Воронеж, 1999 год, ISBN 5-89981-141-2) Николай Никифорович Титоренко в своём интервью корреспонденту немецкого журнала «Der Spiegel» сказал:
«Чувства мстительного удовлетворения я не испытываю. Гибель тысяч людей на „Густлове“ представляю скорее как реквием по умершим во время блокады Ленинграда детям и всем погибшим. Путь немцев к катастрофе начался не тогда, когда Маринеско дал команду торпедистам, а когда Германия покинула указанный Бисмарком путь мирного согласия с Россией.»
«Это была блестящая военная операция, благодаря которой инициатива господства в морской войне на Балтике была прочно перехвачена советскими моряками. Это был стратегический успех советского флота, а для Германии — крупнейшая морская катастрофа. Своими действиями подводная лодка С-13 приблизила конец войны. Подвиг Маринеско состоит в том, что он уничтожил казавшийся непотопляемым символ нацизма, корабль-мечту, пропагандирующий рейх. А гражданские люди, находившиеся на корабле, стали заложниками немецкой военной машины. Поэтому трагедия „Густлоффа“ — это обвинение не Маринеско, а гитлеровской Германии.»
10 февраля 1945 года советская подводная лодка «С-13» под командованием капитана 3-го рангаАлександра Ивановича Маринеско обнаружила немецкое вооружённое госпитальное судно «Генерал Штойбен» (приняв его за крейсер класса «Эмден»). Ночью в 00:50 лодка выпустила по кораблю две торпеды из кормовых торпедных аппаратов[10]. Обе торпеды попали в цель, корабль затонул через 15 минут. Погибло более 3000 человек (приводятся следующие цифры: погибло 3608 человек, спасено 659 человек), преимущественно раненые военнослужащие и беженцы[11].
9 мая 1995 года в Кронштадте на территории в/ч 09632 был повторно открыт перенесённый из Лиепаи памятник «Героическому экипажу Краснознамённой подводной лодки „С-13“, его боевому командиру Маринеско А. И.»[12].
21 мая 2019 года в Адмиральском парке города МихайловскаСтавропольского края состоялась торжественная церемония открытия памятника морякам-подводникам героической субмарины «С-13», выполненного скульптором Сергеем Серёжиным[2].
Последний из остававшихся в живых член экипажа «С-13», Михаил Геннадьевич Золотарёв, скончался в 2022 году[13]. В годы Великой Отечественной войны служил юнгой на этой подводной лодке, был участником четвёртого боевого похода «С-13» (20 апреля 1945 — 23 мая 1945), в списках не значился, был «сыном полка», в подводном положении научился стоять вахту на вертикальном руле в качестве рулевого-сигнальщика. Последние годы он проживал в Израиле, в городе Цур-Игале, где на стене своего дома установил символическую мемориальную табличку в виде контура подводной лодки «С-13» с надписью такой же, как и на памятнике в Кронштадте, — «Героическому экипажу и его командиру Маринеско»[14].