Действие игры происходит в 2005 году на вымышленном японском острове Ямидзима. Согласно предыстории игры, в 1976 году все население острова загадочным образом исчезло; несколько героев, попавших на безлюдный остров, сталкиваются на нём с различными чудовищными созданиями и пытаются выбраться и раскрыть тайну острова. Игра отличается нелинейностью — игрок поочерёдно управляет различными персонажами с разными умениями и недостатками, и фрагменты их попыток покинуть остров подаются не в хронологической последовательности. Одна из важнейших игровых механик игры, «третий глаз» (Sightjack), позволяет «настроиться на волну» другого персонажа или противника и наблюдать окружение его глазами — это позволяет, например, узнать, где находятся враги и чем они заняты; однако во время наблюдения персонаж игрока не может двигаться и остаётся уязвимым.