Элли Шиди родилась в Нью-Йорке в семье менеджера по рекламе Джона Шиди и Шарлотты Баум, литературного агента, вовлечённого в движение за гражданские права и права женщин. Отец — ирландский католик, мать — еврейка. Родители развелись в 1971 году. В тринадцать лет Шиди написала детскую книгу «She Was Nice to Mice» о мышах при дворе английской королевы. Элли начала выступать в различных местных театральных постановках в свои подростковые годы. В 1980 году Элли окончила нью-йоркскую частную школу «Columbia Grammar & Preparatory School».
Элли стали причислять к новому поколению звёзд вместе с Деми Мур. Однако после первоначального всплеска популярности Элли сыграла в нескольких неудачных фильмах («Сердце Дикси», «Служанка на заказ»), которые провалились в прокате. После этого её перестали приглашать на съёмки. По мнению деятелей Голливуда, Шиди плохо соответствовала тому, что требовалось от потенциальной кинозвезды. По словам самой Шиди в интервью журналу «Salon entertainment»: «Я считалась холодной как лёд, негодной для ролей в фильмах, негодной для работы, негодной для секса». Менеджеры и агенты советовали ей «поправить грудь», носить больше косметики и меньше одежды, и тусоваться с более успешными кинозвёздами:
«Мне говорили: „Проблема в том, что никому не хочется трахнуть тебя“, и моя карьера отправилась прямо на помойку»[2].
В 1989 году после лечения Элли переехала в Нью-Йорк и постепенно снова начала играть роли в телефильмах, и фильмах, выходивших на видео. В течение нескольких лет Элли училась актёрскому мастерству у известного тренера Гарольда Гаскина (англ.Harold Guskin). В 1998 году она сыграла роль фотографа Люси Берлинер в фильме «Высокое искусство», которая была высоко оценена критиками. За эту роль Шиди была награждена премиями Национального общества кинокритиков США и «Независимый дух».
В 1980-х годах Шиди встречалась с гитаристом Ричи Самборой, отношения с которым, по её словам, привели к зависимости от лекарств и наркотиков. Она прошла успешный курс реабилитации[4][5][6][7].
С 1992 по 2008 год Шиди была замужем за актёром Дэвидом Лэнсбери, племянником актрисы Анджелы Лэнсбери[8][9]. У них есть сын Бекетт (род. 1994), который является транс-мужчиной[10].
В январе 2018 года Шиди оставила на своём аккаунте в «Twitter» сообщения, которые сопроводила именами Джеймса Франко и Кристиана Слейтера, а также хештегом #Me Too, тем самым обвинив их в неподобающем поведении. Позже Шиди удалила сообщения[11].