Säsongen inleddes med att Gais supportrar lyckades skramla in pengar till att köpa loss Norrköpingslånet och måltjuven Mathias Gravem för 225 000 kronor.[6] Gais värvade även tillbaka de två före detta gaisarna Patrik Elmander och Morgan Nilsson från Örgryte IS.[7] Den 25 mars, i en match i Triangelserien mot Örgryte, bröt det 17-åriga nyförvärvet Peter Elmander (yngre bror till Patrik och Johan) benet på två ställen efter en vårdslös tackling på tilläggstid av Örgrytes Valter Tomaz Junior.[8][9] Gais hade redan Lukasz Chmaj (korsband) och Stefan Vennberg (två revbensfrakturer och punkterad lunga) på skadelistan, så det var oroligt inför seriestarten.[8]
Gais fick en knackig start, med en vunnen, en oavgjord och en förlust på de tre första matcherna, men fick sedan upp farten och gick obesegrat genom fem matcher innan man stötte på rejäl patrull borta mot Floda BoIF, då man förlorade med hela 4–0. Gais nådde sedan bara 0–0 hemma mot Qviding FIF innan man avslutade vårsäsongen med klara 0–6 borta mot Jonsereds IF. Till sommaruppehållet, då serien efter 11 matcher vände, låg Gais med sina 21 poäng ändå bara tvåa efter Ljungskile SK på 25 poäng.[10]
I slutet av augusti lyckades Gais äntligen ta sig förbi bohusläningarna på målskillnad genom en 4–1-seger mot Skärhamns IK,[11] men båda lagen höll därefter jämna steg genom idel segrar, tills Gais i omgång 20 miste serieledningen när man bortaförlorade mot Gunnilse IS med 2–1. I omgång 21, den näst sista seriematchen för säsongen, ställdes emellertid Gais den 4 oktober återigen mot Ljungskile i en närmast direkt avgörande seriefinal. Hela 8 098 åskådare kom till Gamla Ullevi för att se matchen, som Gais vann med 1–0 efter ett mål av Stefan Vennberg. Gais ledde därmed återigen serien på samma poäng men mycket bättre målskillnad än Ljungskile,[12] och sedan Gais i sista omgången avfärdat Torslanda IK borta med 0–2 var seriesegern säkrad. Därmed väntade kval till Superettan mot Mjällby AIF, som vunnit sin division 2-serie.[13]
Gais skulle nu möta Mjällby AIF i kval till Superettan 2004. Mjällby hade vunnit sin division 2-serie med visst besvär; först i sista omgången säkrade laget seriesegern genom att besegra Högaborgs BK med 4–0 efter mål av bland annat tidigare Gais-spelaren Simon Sjöfors och senare Gais-spelaren Daniel Nicklasson.[13]
I den första kvalmatchen, den 19 oktober 2003, gjorde Ivan Ottordahl sitt livs match då han slog till med två mål på bortaplan – det första på straff och det andra med en läcker frispark skruvad i krysset – vilket gav Gais segern med 2–1. Anmärkningsvärt var att Ottordahl inte hade gjort ett enda mål tidigare under säsongen, och att kvalmatchen spelades blott en dryg månad efter att Ottordahls far, förre Gaistränaren Lennart Ottordahl, hade avlidit i cancer.[14][15]
Gais vann, inför nästan 12 000 åskådare, även returen hemma i Göteborg med 2–1 och blev därmed klart för Superettan 2004.[16]
