Fotbollsklubben Gais spelade säsongen 2006 i Allsvenskan, efter att föregående säsong ha slutat trea i Superettan och genom kvalspel mot Landskrona Bois ha kvalificerat sig för Allsvenskan. Gais slutade som nykomling tia i tabellen.
Dagens Nyheter tippade inför säsongen Gais som 14:e och sista lag i Allsvenskan.[8]Olof Lundh skrev i Expressen: "Nyförvärven har rasat in på Gaisgården, ändå är det svårt att se ett allsvenskt lag över Roland Nilssons skapelse. De nya spelarna är mest hämtade från andra klubbars överskottslager och det imponerar inte. [...] Det blir bara ett år i allsvenskan."[9]
Allsvenskan höll ett två månader långt uppehåll för VM i Tyskland. Gais spelade under uppehållet en cupmatch mot Djurgården, men spelade dessutom flera träningsmatcher.
Gais inledde serien piggt, och efter fem omgångar låg nykomlingen fyra i tabellen.[10] Laget hade emellertid väldigt svårt att vinna, och avslutade Allsvenskan med nio raka matcher utan seger. Efter 26 spelade matcher slutade Gais på en tiondeplats, med bara 5 segrar, hela 12 kryss och 9 förluster. Gais var dock långt ifrån att åka ur Allsvenskan, med fem poäng till godo på BK Häcken på den negativa kvalplatsen.
Gais gick in i Svenska cupen i omgång 2, där man på bortaplan slog FF Södertälje med 0–8. I omgång tre ställdes man mot Djurgårdens IF och blev utslagna efter en 2–0-förlust på Stockholms stadion.