Збудована в 1522 році за проектом видатного османського архітектора Сінана на місці християнського храму візантійської епохи (можливо, шляхом перебудови останнього).
Названа, вочевидь, на честь турецького султана Селіма I Грізного, що протягом свого правління збільшив території Османської імперії вдвічі. Мечеть містилася на території сучасного Матроського саду — між нинішніми вулицями Горького, Вірменською та Караїмською.
Руйнування
У першій половині XIX століття зруйнована. Під час руйнування виявлено фрагменти візантійської пластики (колону, рельєф із зображенням святого Миколая).