Футбольна команда була заснована в Житомирі в 1959 році на базі обласної ради добровільного спортивного об'єднання «Авангард». З 1960 року команда виступала в першості колишнього СРСР (клас Б) під назвою «Полісся», представляючи об'єднання «Спартак».
З 1967 по 1976 рік житомирська команда носила назву «Автомобіліст», і саме тоді досягла найвищих успіхів. В 1967 році «Автомобіліст» став чемпіоном України, а шістнадцять гравців команди отримали звання майстрів спорту. В 1972 році «Автомобіліст», залишаючись одним із найсильніших клубів республіки, став володарем першого Кубку УРСР. В фіналі житомирські футболісти в додатковий час перемогли славетний донецький «Шахтар» — 1:0.
З 1977 року після реорганізації футбольної першості Радянського Союзу Житомир був представлений в другій лізі (6 українська зона), отримавши нову назву — «Спартак». Далі, в 1987—1992 роках команда носила свою першу назву «Полісся», завоювала другий в своїй історії кубок УРСР, але і це не допомогло їй втриматися серед учасників новоствореного незалежного чемпіонату України.
Часи Незалежності та розформування (1992—2005)
В чемпіонаті 1992/93, який вперше проводився по системі «осінь-весна», команда перейшла під егіду заводу «Хімволокно», змінила назву на «Хімік» і за один сезон у другій лізі чемпіонату України отримала право повернутися в першу лігу. В першій лізі команда провела наступні сім сезонів. Щоправда, у зв'язку з фінансовими труднощами підприємство «Хімволокно» (Житомирський завод хімічного волокна) було змушене відмовитися від команди, а житомирський клуб знову повернув своє ім'я. За результатами сезону 1999/00 «Полісся» посіло 15 місце в першій лізі і опустилось у другу. В наступному сезоні слідувала перемога в групі «А» другої ліги і тріумфальне повернення. Але на цьому сходження не завершилося. В наступному ж сезоні команда опинилася за крок до місця уже в вищій лізі. Але в перехідних іграх сильнішою виявилася олександрійська «Поліграфтехніка». Команда залишилася в першій лізі. Почалось падіння. Спочатку 11 місце, потім 18, а потім в сезоні 2004/05 команда знялась зі змагань після першого кола.
У 2005 році команда припинила існування. Пізніше було створено дві команди з Житомира — «Житичі» та МФК «Житомир», однак вони проіснували недовго.
Відродження команди (2016)
У 2016 році рішенням Житомирської міської ради був створений муніципальний футбольний клуб «Житомир». 23 березня 2016 року директором було обрано Руслана Павлюка[2]. 23 квітня відбувся дебютний матч в Аматорському чемпіонаті України, проти команди ФК «Малинськ»[3]. У своєму першому сезоні МФК «Житомир» провів шість ігор, здобувши три перемоги, одну нічию та двічі програвши. В підсумку команда завершила груповий етап на третій позиції, відстаючи від другої на одне очко. Разом з тим МФК «Житомир» зумів обіграти володаря аматорського кубку України 2015 року «Гірник» з Соснівки[4].
У сезоні 2016/17 аматорський чемпіонат розігрувався в зміненому форматі, а МФК «Житомир» потрапив до групи 2. Команда розпочала сезон 13 серпня з виїзної поразки проти «Таврії-Скіф»[5]. МФК Житомир став суперником у першому в історії домашньому матчі команди «Металіст 1925», який відбувся 27 серпня. Гра завершилася нульовою нічиєю, принісши перший бал в сезоні житомирянам, а стадіон «Металіст» відвідали більше 6500 вболівальників[6]. У розіграші попереднього етапу аматорського кубку України суперником МФК «Житомир» став представник прем'єр-ліги Львівської областіСКК «Демня». Програвши в першому матчі з рахунком 1:2, житомиряни не зуміли відігратися вдома і покинули турнір[7]. За підсумками першого кола МФК «Житомир» посів 7 сходинку, набравши 12 очок[8]. На початку листопада клуб розпочав процедуру атестації в другу лігу на сезон 2017—18[9].
Перші заяви щодо зміни назви на «Полісся» з'явилися в кінці листопада 2016 року. Тоді мер Житомира Сергій Сухомлин дав попередню згоду на перейменування клубу[10]. Вже 16 лютого 2017 року більшість депутатів підтримали перейменування і клуб офіційно отримав назву ФК «Полісся»[11]. Навесні було оголошено про початок конкурсу на нову емблему, яка має наслідувати зразок історичного ФК «Полісся»[12]. Незабаром у квітні клуб презентував нову форму в традиційних жовто-зелених кольорах та видозмінений логотип, де напис МФК «Житомир» змінено на ФК «Полісся»[13]. Через рік, так і не оголосивши результатів конкурсу, керівництво змінило кольори існуючої емблеми на звичні жовтий та зелений[14].
Повернення на професіональний рівень
До першого професійного сезону команду готував Ігор Левицький, який залишився головним тренером після виступів у аматорах. Під його керівництвом було програно чотири стартові матчі в чемпіонаті, при цьому житомирські футболісти не забили жодного м'яча[15]. В попередньому раунді Кубку України «Полісся» з мінімальним рахунком здолало запорізький Металург, але вже в наступному раунді аматорський клуб «Демня» вибив житомирян з турніру. Через провальний старт сезону головного тренера змінили на Едуарда Хаврова[16]. З новим тренером та підсиленням команда покращила свої результати і за осінню частину чемпіонату перемогла в п'яти іграх та здобула дві нічиї. Однак за результатами двох із трьох кіл чемпіонату клуб посів лише восьме місце, тому керівництво відправило Едуарда Хаврова у відставку[17]. Разом з тренером команду покинуло 11 футболістів. 22 листопада клуб представив нового головного тренера, яким став Володимир Мазяр. Угоду з фахівцем було укладено на два роки[18]. Через три тижні Мазяр покидає команду, скориставшись опцією в контракті, та очолює «Акжайик» із Казахстану[19]. 27 грудня на чолі клубу став Олександр Призетко, в помічники новоспечений тренер запросив Максима Калиниченка[20][21]. В першому сезоні команда зайняла восьме місце з десяти, не виконавши поставлених задач.
Перед новим сезоном більша частина гравців покинула клуб, натомість було підписано 14 новачків[22]. Олександр Призетко залишився головним тренером, перед яким ще під час підписання контракту було поставлено завдання виходу в першу лігу в сезоні 2018/19. Однак вже в першому кубковому матчі аматорський «ЛНЗ-Лебедин» у серії пенальті сенсаційно обіграв житомирян в першому попередньому етапі Кубка України[23]. Після п'яти турів чемпіонату «Полісся» посідало лише восьму сходинку турнірної таблиці, тому Призетка звільнили 21 серпня. Його замінив останній тренер ФК «Полтава»Анатолій Безсмертний[24].
Зміна власника та вихід в Премєр-лігу
У перші роки після відновлення клубу покриття його видатків здійснювалося за рахунок коштів обласного, міського бюджетів, а також приватних спонсорів[25]. Час від часу з'являлася інформація про припинення існування «Полісся» через нестачу фінансування[25][26]. За підсумками сезону 2019/20, який завершився дочасно через пандемію коронавірусу, «зелено-жовті» посіли друге місце в групі А Другої ліги та підвищилася в класі. Це вимагало збільшення фінансування[27], і новим спонсором клубу перед стартом у першій лізі став BGV Group[28][29]. За підсумками сезону 2020/21 житомирська команда посіла 11 місце в першій лізі. Влітку 2021 року Геннадій Буткевич, засновник BGV Group, став повноправним власником «Полісся»[30][29]. У сезоні 2021/22 клуб посів 9 місце в таблиці, а вже наступного сезону 2022/23 з першого місця вийшов в Премєр-лігу. Після цього Геннадій Буткевич оголосив про свої плани попасти в топ-5 ліги, а також пройти в єврокубки.[31] Ще до цього з'явилися повідомленя про те що власник «Полісся» хоче збільшити бюджет клубу у двічі,[32] а головний тренер «Полісся» Юрій Калитвинцев анонсував бажання замінити половину команди на новачків[33].
У сезоні 2023/24 «Полісся» зайняло 5 місце у Чемпіонаті України, вигравши боротьбу за нього в останньому турі у «Руха», що дозволило команді дебютувати в Єврокубках у Другому кваліфікаційному раунді Ліги Конференцій, де на початку сезону 2024/25 «Полісся» зазнало поразки від Словенської «Олімпії» з загальним рахунком 1:4 і вилетіло з турніру.
З моменту заснування клубу у 1959 році команда проводила матчі на Центральному стадіоні міста Житомира, виступаючи на ньому аж до моменту свого розформування у 2005 році. Надалі стадіон був визнаний аварійним і матчі на ньому припинились.
Після відновлення клубу у 2016 році перші матчі команда проводила на стадіоні «Спартак», а вхід для глядачів був безкоштовним. Зокрема, матч першого туру аматорського чемпіонату України 2016 проти ФК «Малинськ» зібрав аншлаг, на стадіон прийшли близько 2500 вболівальників[35]. Починаючи з 6 туру клуб переїхав на стадіон «Колос» та запровадив продаж квитків на домашні матчі[36]. Головна спортивна арена Житомира стадіон «Полісся» не могла приймати матчі протягом перших сезонів через тривалу реконструкцію, проект якої представили в серпні 2016 року[37]. Виступи в другій лізі команда розпочала на стадіоні «Спартак» в Коростені і мала виступати там до завершення реконструкції стадіону в Житомирі[38]. Голова Житомирської ОДАІгор Гундич розпорядився завершити реконструкцію Центрального стадіону до 1 листопада 2017 року[39]. В листопаді реконструкцію завершено не було, а відкриття стадіону перенесли на 2018 рік. Голова ОДА аргументував затримку необхідністю встановлення системи підігріву поля, автоматичного поливу, інформаційного табло та благоустрою території навколо стадіону. Таким чином стадіон буде відповідати вимогам до арен Прем'єр-ліги[40].
З 8 вересня 2019 року клуб грав домашні матчі на відновленому житомирському стадіоні «Спартак-Арена», який до реконструкції мав назву «Спартак»[42].
На початку сезону 2020/21 домашнім стадіоном команди був київськийНТК імені Віктора Баннікова[43]. Як повідомив директор ФК «Полісся» Володимир Загурський, через недофінансування з бюджету області клуб взагалі може припинити грати в Першій лізі[44]. Домашню гру 6-го туру чемпіонату України серед команд першої ліги команда зіграла у місті Буча на стадіоні «Ювілейний»[45]. 21 жовтня 2020 року «Полісся» вперше у сезоні зіграв свій офіційний домашній матч (8-й тур чемпіонату України) на житомирському стадіоні «Спартак-Арена»[46].
26 березня 2021 року зіграно перший домашній матч на Центральному стадіоні міста Житомира, команда розіграла нічию 1:1 із «Кристалом»[47][48]. Водночас здано в експлуатацію лише футбольне поле, територія навколо стадіону в занедбаному стані[49].
↑Клас «А», 2 група з сезону 1970 стала третьою в системі ліг СРСР.
↑Чемпіонат СРСР у другій лізі по закінченні сезону був реорганізований. Краща половина команд з кожної зони другої ліги потрапляла на наступний рік у буферні зони другої ліги, де розігрували між собою путівки до першої ліги.
↑Після першого кола команда «Полісся» знялася зі змагань і в решті матчів їй зараховані технічні поразки −:+.
↑Чемпіонат було достроково завершено 12 червня 2020 року через пандемію COVID-19.