З лютого 2011 року по серпень 2013 року працював адміністратором ФСК «Буковина». З вересня 2013 року — тренер «Буковини». 29 травня 2016 року призначений виконувачем обов'язків головного тренера чернівецької команди. 30 червня2016 року новим головним тренером «Буковини» став Сергій Шищенко, а Роман Вікторович увійшов у його тренерський штаб. А після відставки Сергія Юрійовича до призначення нового наставника, Роман Шпірнов займався підготовкою команди до весняної частини чемпіонату. У новому тренерському штабі займав попередню посаду, також паралельно виконував функції і адміністратора команди.
