Еміліо Альзамора почав свою кар'єру в гонках в класі 80cc, вигравши в 1989 році клас 80cc чемпіонату Каталонії у віці 16 років. У 1994 році він дебютував у Гран-прі в класі 125cc як член команди екс-чемпіона світу Паоло Пілері. Перейшов в клас 250cc в 1997 році, але після першого ж сезону, затьмареного травмами, повернувся в 125-ий. Альзамора виграв в 1999 році чемпіонат світу в класі 125cc, не вигравши ні однієї гонки, але здобувши 10 подіумних позицій, обійшовши Марко Меландрі і Масао Азума, кожен з яких мав по п'ять перемог. Завершив професійну кар'єру після сезону 2003 року.
Після завершення активних виступів залишився у мотоспорті. Зокрема, відкрив для MotoGP талант Марка Маркеса: будучи його менеджером зробив його чемпіоном світу в класі 125сс, згодом — в Moto2 та MotoGP[2]