У великому науковому доробку Мурзаева провідне місце займають праці, присвячені лінгвістичному вивченню географічної термінології російської і тюркських мов. Перші роботи з даної проблематики пов'язані з експедиціями автора до Середньої Азії і відрізняються польовим характером збору фактичного матеріалу. Ці вишукування отримали переконливу інтерпретацію в статтях, опублікованих впродовж 1939—1948 років.
Одночасно в цей час, у 1930-х роках закладалися основи російського термінознавства в працях таких вчених, як Д. С. Лотте, Е. К. Дрезена, С. А. Чаплигіна, Г. Й. Винокура. Мурзаєв, спираючись на праці своїх попередників, створив принципово новий напрямок в топонімічних дослідженнях, затвердив виключно важливий статус географічної термінології.
(рос.)Мурзаев Э. М. Северо-Восточный Китай: Физико-географическое описание. — М. : Изд-во Академии наук СССР, 1955. — 250 с.
(рос.)Мурзаев Э. М. В далёкой Азии: Очерки по истории изучения Средней и Центральной Азии в XIX-XX веках. — М. : Изд-во Академии наук СССР, 1956. — 224 с. — 25000 прим.
(рос.)Мурзаев Э. М. Путешествие в жаркую зиму: (Записки географа) / Худож. В. И. Колтунов. — М. : Мысль, 1967. — 136, [16] с. — (Рассказы о природе) — 30000 прим.
(рос.)А. Г. Бабаев, Э. М. Мурзаев, А. О. Оразов, З. Г. Фрейкин. Туркменистан. — М. : Мысль, 1969. — 294 с. — (Советский Союз. Географическое описание в 22 томах) — 90000 прим.
(рос.)Мурзаев Э. М. Словарь народных географических терминов: В 2-х томах. — 2-е изд., перераб. и доп. — М. : Картгеоцентр — Геоиздат, 1999.
(рос.)Мурзаев Э. М. Слово на карте: Топонимика и география. — М. : Армада-пресс, 2001. — 448 с. — (Что в имени?..) — 7000 прим. — ISBN 5-309-00054-2.
Статті
(рос.)Мурзаев Э. М. К географической терминологии туркмен // Известия Государственного географического общества. — 1939, Т. 71. Вып. 6..
(рос.)Мурзаев Э. М. К географической терминологии и номенклатуре киргизов Тянь-Шаня // Известия Всесоюзного географического общества. — 1940. Т. 72. Вып. 3..
(рос.)Мурзаев Э. М. Этюды по топонимике Средней и Центральной Азии // Вопросы географии. Сборник 8: Зарубежные страны. — 1948.
(рос.)Мурзаев Э. М. Изучение географических названий (топонимика) // Справочник путешественника и краеведа. — 1950. — Т. 2.
(рос.)Мурзаев Э. М. О происхождении географических названий // Природа. — 1956. — № 7.
(рос.)Мурзаев Э. М. Местные географические термины. Транскрипция географических названий // Сб. Труды совещания, состоявшегося 28 — 31 января 1959 года. — 1960.
(рос.)Мурзаев Э. М. Значение местных терминов в образовании географических названий // Питания топошмжи та ономастики. — 1962.
(рос.)Мурзаев Э. М. Основные направления топонимических исследований // Принципы топонимики. — 1964.
(рос.)Мурзаев Э. М., Любимова Е. Л. Топонимические свидетельства географических условий прошлого Русской равнины // Современные проблемы географии. — 1964. — С. 303—309.
(рос.)Мурзаев Э. М. Местные географические термины и их роль в топонимике // Местные географические термины в топонимии: Тезисы докл. и сообщ. — 1966.
(рос.)Краснопольский А. В. Отечественные географы (1917—1992): Биобиблиографический справочник (в 3-х томах) / Под ред. проф. С. Б. Лаврова; РАН, Русское географическое общество. — СПб., 1993. — Т. 2. Л-Х. — С. 111. — 1000 прим.
(рос.)Милибанд С. Д. Мурзаев Эдуард Макарович // Востоковеды России: XX — начало XXI века: Биобиблиографический словарь: в 2-х книгах / Отв. ред. В. М. Алпатов; Институт востоковедения РАН. — М. : Восточная литература, 2008. — Т. 1. А-М. — С. 957—958. — 800 прим. — ISBN 978-5-02-036364-9.
(рос.)Мурзаев Эдуард Макарович // Институт географии и его люди: К 90-летию со дня образования / Ред.-сост. Т. Д. Александрова; Отв. ред. В. М. Котляков Институт географии РАН. — М. : Наука, 2008. — С. 120-121. — (600) — ISBN 978-5-02-036651-0.
(рос.)Яцковская К. Н.Наш учитель Эдуард Макарович Мурзаев (1908—1998) // Mongolica — IX: Сборник статей: Посвящается 130-летию со дня рождения С. А. Козина / Сост. И. В. Кульганек; Институт восточных рукописей РАН. — СПб. : Петербургское Востоковедение, 2010. — С. 127—135. — ISBN 78-5-85803-434-6.