Der Berliner Literaturpreis wurde 1989 vom Tübinger Germanisten und Literaturkritiker Gert Ueding mit den Kritikern Franz Josef Görtz und Claus-Ulrich Bielefeld gegründet. Mit dem Preis sollten Autoren, die einen wesentlichen Beitrag zur Entwicklung der zeitgenössischen deutschsprachigen Literatur geleistet haben, ausgezeichnet werden. Der Sieger erhielt zu Beginn 47.000 Mark.[1] Der Preis wurde bis 1998 alle zwei Jahre zusammen mit der Johannes-Bobrowski-Medaille im Literarischen Colloquium Berlin verliehen.
Seit 2005 wird die Auszeichnung nach einem neuen Konzept verliehen. Es wird das bisherige Gesamtwerk eines deutschsprachigen Schriftstellers gewürdigt. Seitdem ist mit dem Preis auch die Berufung auf die Gastprofessur für deutschsprachige Poetik der Stiftung Preussische Seehandlung an der Freien Universität Berlin verbunden. Bis 2016 trug sie den Namen „Heiner-Müller-Gastprofessur“. Die Namensgebung und -änderung der Professur gehen auf Brigitte Maria Mayer zurück, die Witwe des Schriftstellers Heiner Müller.