Le moine Augustin est mandaté par le pape Grégoire Ier pour évangéliser les anglo-saxons et débarque au sud de l'Angleterre en 597.
Il rencontre le roi du Kent nommé Æthelberht qui, sous l'influence de son épouse la reine Berthe, déjà chrétienne, acceptera d'être baptisé par Augustin. Ce premier roi anglo-saxon converti au christianisme donne à Augustin un temple païen situé sous les remparts de Cantorbéry pour qu'il y édifie une abbaye.
À partir de la conquête normande du XIe siècle, cette abbaye est rattachée à l'Ordre de Saint-Benoît et le demeurera jusqu’en 1538, lorsqu’elle est dissoute par le roi Henri VIII comme tous les autres monastères du pays. Après la dissolution, une partie du site est convertie en palais royal et sert d’étape pour les déplacements royaux entre Londres et les ports du Sud-Est du pays.
Elle est un des sites monastiques les plus anciens du pays.
À l'origine, l’abbaye était constituée de quatre églises ou chapelles séparées construites sur une ligne allant d’est en ouest. L’église principale était dédiée aux saints Pierre et Paul, la chapelle de sainte Marie était plus à l’est et celle de saint Pancrace détachée des autres structures était plus loin à la limite est du site. Il y avait également une autre plus petite chapelle proche de l’église principale.
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