Conseiller des Affaires étrangères de 1988 à 2006, il a été en poste en Jordanie (premier secrétaire à l'ambassade de France), aux États-Unis en tant qu'attaché culturel, puis en Syrie (premier conseiller à l'ambassade de France) et enfin en Tunisie (ministre-conseiller à l'ambassade de France)[3]. Il a aussi été membre des cabinets du ministre de l'Intérieur Pierre Joxe (1990-1991), du même ministre à la Défense (1991-93) et du Premier ministre Lionel Jospin (2000-2002)[4]. Vincent Duclert, président de la Commission française d’historiens sur le rôle de la France au Rwanda, le cite dans son rapport de 2021 comme conseiller diplomatique de Pierre Joxe, ce « grand ministre », qui « ferraille avec l'Elysée pour essayer de modifier la gestion de crise »[5].
Ses travaux sur le jihadisme[6] ou le millénarisme[7] insistent sur la rupture entre cet extrémisme contemporain et la tradition islamique[8]. Il insiste dès lors sur les mobilisations pacifistes des sociétés arabes, seules capables, comme en Algérie depuis le Hirak de 2019, de « désarmer un régime surarmé »[9].
Selon le journaliste Jean-Dominique Merchet, ses positions ont parfois été jugées comme « trop proches des insurgés syriens », ainsi que « trop irénique » sa présentation des révolutions arabes[10]. Pour ces mêmes raisons, le politologue Gilles Kepel décrit Jean-Pierre Filiu comme un « historien engagé »[11]. Alain Frachon, commentant le même livre dans Le Monde, y voit au contraire un « acte d'accusation argumenté » de la « transformation dangereuse d'Israël » que Netanyahou « laissera dans l'histoire »[12]. Frédéric Bobin qualifie, dans Le Monde, Filiu de « prolixe pédagogue des soubresauts du monde arabe », qui « veut rompre avec la sinistrose entourant les poussées émancipatrices dans cette région du monde »[13].
Enfin, il a écrit, en 2012, les paroles d'une chanson de Zebda sur la bande de Gaza, Une vie de moins. Ils s'étaient rencontrés en 1998 en Syrie sous la présidence d'Hafez el-Assad, où Filiu était diplomate, alors que Zebda donnait des concerts à Damas et Alep[16].
La Dame de Damas, avec Cyrille Pomès (roman graphique), Futuropolis, 2015
Le miroir de Damas, La Découverte, 2017
Généraux, gangsters et jihadistes : histoire de la contre-révolution arabe, La Découverte, 2018
Main basse sur Israël : Netanyahou et la fin du rêve sioniste, La Découverte, .
Algérie, la nouvelle indépendance, Le Seuil, 2019.
Le Milieu des mondes - Une histoire laïque du Moyen-Orient depuis 395, 384 pages, Le Seuil.
Stupéfiant Moyen-Orient, une histoire de drogue, de pouvoir et de société, 224 pages, Le Seuil, 2023.
Comment la Palestine fut perdue : Et pourquoi Israël n'a pas gagné. Histoire d'un conflit (XIXe – XXIe siècle), Le Seuil, , 432 p. (ISBN978-2-02-153833-5)[19].
↑« « Comment la Palestine fut perdue et pourquoi Israël n’a pas gagné » : le conflit israélo-palestinien mis à nu », Le Monde.fr, (lire en ligne, consulté le )
