La saison 1999-2000 de la Ligue des Champions de l'EHF met 34 équipes européennes aux prises. Il s’agit de la 40e édition de la Ligue des champions masculine de l'EHF, anciennement Coupe d'Europe des clubs champions, organisée par l’EHF. Cette édition a vu le FC Barcelone remporter son sixième titre aux dépens du THW Kiel et parvient ainsi à conserver son titre.
Formule
Un premier tour préliminaire oppose quatre équipes en match aller et retour. Les 2 équipes qualifiées rejoignent alors en seizièmes de finale les 30 équipes déjà qualifiées. Ces 32 équipes s’affrontent en match aller et retour et permettent de qualifier pour le tour principal 16 équipes. Celles-ci sont alors réparties dans quatre groupes de quatre équipes, où elles disputent un championnat à 6 journées. Les deux premiers de chaque groupe sont qualifiés pour la phase finale où on retrouve un format en match aller et retour avec des quarts de finale suivi des demi-finales et enfin de la finale.
Participants
Liste des engagés, par tour d’entrée dans la compétition
Les quatre premiers ainsi que les quatre deuxième de chaque groupe participent à la phase finale, qui débute par les quarts de finale. Les équipes se trouvant dans le Chapeau 1 tomberont face aux équipes du Chapeau 2 et à notez que celle-ci reçoivent au match aller.
Les chapeaux sont réalisés simplement en prenant le classement des huit équipes dans leur groupe respectif :