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Le musée d'Aquitaine hérité des collections de l'ancien Musée lapidaire créé vers 1783 par l'Académie de Bordeaux à la demande de l'intendant Dupré de Saint-Maur afin de rassembler les vestiges romains mis au jour par d'importants travaux d'urbanisme entrepris dès le XVIe siècle et, principalement, au XVIIIe siècle. Depuis 1962, il a évolué vers un musée d'histoire, d'archéologie et d'ethnographie régionales : vestiges de l'époque préhistorique, antiquités romaines et paléo-chrétiennes de la cité de Burdigalia, collections médiévales, collections ethnographiques, etc. Il accueille également les collections de l'ancien musée Goupil, conservatoire de l'image industrielle.
Le Capc musée d'art contemporain, anciennement centre d'arts plastiques contemporains de Bordeaux est installé dans le cadre superbe d'un ancien entrepôt à grains. Il déploie une collection de la fin des années 1960 aux générations actuelles, rassemblant plus d'un millier d'œuvres et 140 artistes.
Le muséum d'histoire naturelle est installé dans une demeure du XVIIIe siècle dans le jardin public de Bordeaux. Il vit au rythme d'expositions thématiques qui mettent en valeur des spécimens des collections permanentes.
Le Musée national des Douanes est logé au sein d'un des magnifiques pavillons de la place de la Bourse. Il retrace l'histoire douanière et illustre les missions des brigades et des bureaux.
Le Centre national Jean-Moulin de documentation sur la Seconde Guerre mondiale présente au public des documents d’époque et des objets qui perpétuent le souvenir de cette période récente de notre histoire, qui situent les différents réseaux et permettent d’apprécier le combat des résistants pour la libération du territoire national.
Le musée d'ethnographie de l'université de Bordeaux (MEB), créé à la fin du XIXe siècle, rassemble des collections patrimoniales qui couvrent tout le champ anthropologique des techniques touchant à la vie sociale et religieuse pour l'Afrique, l'Asie et l'Océanie[4].
Le musée des Compagnons du Tour de France retrace, à travers environ 500 documents et objets, l'histoire du compagnonnage, de la vie ouvrière à Bordeaux et dans la région.
Le musée du Vin et du Négoce de Bordeaux a été ouvert à l'initiative de l'association Bordeaux Historia Vini le dans le quartier des Chartrons. Dans trois caves semi-enterrées, le musée présente une collection d'objets historiques uniques, de multiples témoignages du passé et du présent avec nombre de documents et panneaux explicatifs retraçant le commerce des vins de Bordeaux : l'évolution du métier de négociant, depuis le privilège des vins de Bordeaux datant du Moyen Âge jusqu'à nos jours, en passant par le travail dans les chais et les exportations.
Le musée Mer Marine Bordeaux présente quant à lui sur trois niveaux et 6 000 m2 une histoire universelle de la navigation à travers le monde, la richesse des savoir-faire, les grandes découvertes, les expéditions scientifiques ou les batailles navales à l'aide de 10 000 objets de marine, tels que bateaux grandeur nature, maquettes, instruments de navigation, cartes, atlas et œuvres d’art, avec de fréquents focus sur Bordeaux et sa région[5].
Le musée Goupil conserve le fonds de la maison Goupil, dynastie d'éditeurs d'art parisiens actifs de 1827 à 1920. Les collections se répartissent en trois domaines : estampes, photographies et archives.
Le musée des télécommunications d'Aquitaine occupe les locaux de l'ancien Central Téléphonique « Chartrons », de type R6, mis en service en 1958 avec 3 000 lignes puis 5 000 lignes, et retiré de l'exploitation en 1983.
Archéopôle d'Aquitaine: espace d'interprétation dédié aux résultats des recherches des membres de l'institut Ausonius, centre de recherche sur les sciences de l'antiquité, de l'histoire médiévale et de l'archéologie[13].
