Margit volt Stájer Károly és Bajorországi Mária Anna hetedik leánya. Tizenöt éves korában házasodott össze az akkor huszonegy éves már király unokatestvérével, III. Fülöppel. Házasságuk végig szeretetteljes és szoros kötelékben telt. Margit nagy befolyással bírt férjére és a spanyol udvarra egyaránt. Buzgó katolikus és a művészetek nagy pártfogója volt. Összesen nyolc gyermeke született, köztük a következő spanyol monarcha, IV. Fülöp király is.
Margit főhercegnő tizenöt éves korában, 1599. április 18-án, Valencia városában ment hozzá első-unokatestvéréhez, az akkor már uralkodó III. Fülöp spanyol és portugál királyhoz. A spanyol udvarban hamar befolyásos személlyé vált, Fülöppel szeretetteljes, szoros kötelék alakult ki közöttük. Margit már 1601-ben megszülte első közös leánygyermeküket, 1605-ben pedig megszületett első fiuk és a korona várományosa, a későbbi IV. Fülöp.
A királyné jámbor katolikus volt, egyben ügyes politikus és a művészetek nagy támogatója. II. Miksa császár özvegyével, Mária császárnéval és annak leányával, az apácaként szolgáló Margittal befolyásos kört alkottak és a királyra is nagy befolyást gyakoroltak. Hangsúlyozták a Spanyol Birodalom katolikus hatalomként való működését, valamint a Habsburg-ház egységét is.
Gyermekei
Margitnak és Fülöpnek összesen nyolc gyermeke született:
