Manifesto pubblicitario per la IV Esposizione triennale (1900)
Nel 1803 l'Accademia venne riformata nel quadro di un riassetto generale dell'insegnamento artistico; venne costituito il consiglio accademico, composto da trenta membri, che ampliò e definì le materie di insegnamento: Architettura, Pittura, Scultura, Ornato, Incisione, Prospettiva, Anatomia Artistica ed Elementi di Figura. Due anni dopo presero avvio le esposizioni annuali; in esse erano esposti lavori sia di studenti dell'Accademia, sia di altri artisti, italiani ed europei.
Nel 1809, per adattare il complesso architettonico del Palazzo di Brera alla nuova funzione, venne demolita la facciata trecentesca della Chiesa di Santa Maria in Brera, opera di Giovanni di Balduccio di Pisa.
Nel 1859, in occasione della visita a Milano di Napoleone III, viene collocata al centro del cortile del palazzo di Brera la statua in bronzo di Napoleone I in veste di Marte pacificatore, commissionata da Eugenio di Beauharnais nel 1807, fusa precedentemente a Roma da un modello di Antonio Canova.
Nel 1863 venne distaccato il Museo archeologico, mentre nel 1882 la Pinacoteca di Brera venne resa autonoma dall'Accademia, pur rimanendo collocata negli stessi spazi.
Nel 1891 si distaccò dall'Accademia la Scuola di Architettura; nel 1923, con la riforma Gentile, venne istituito il liceo artistico. In quegli anni la scuola di scultura fu tenuta da Adolfo Wildt (cui succedettero Francesco Messina e Marino Marini) che ebbe tra i suoi allievi Lucio Fontana e Fausto Melotti, mentre per Funi venne istituita la cattedra di Affresco. Nel 1931 la Scuola di architettura viene trasferita al Politecnico di Milano.[senza fonte]
Nel 1911 il re del Belgio Alberto I ricevette in eredità, come segno di riconoscenza politica, l'Isola Comacina. Dopo un anno la donò allo stato italiano, il quale la diede in concessione all'Accademia di Brera allo scopo di farne un luogo di villeggiatura per artisti. Nel 1939 vennero realizzate allo scopo tre villette su progetto di Pietro Lingeri[4].
Il cortile d'onore dell'Accademia si sviluppa su pianta rettangolare traversa con il lato maggiore di 40 metri e quello inferiore di circa 30 metri; intorno ad esso si svolge il porticato a due ordini, toscano l'inferiore e jonico il superiore, composto da arcate rette da binati di colonne architravate. Ultima opera del Ricchini, il cortile di Brera rappresenta il perfetto archetipo del cortile lombardo a doppio loggiato, già visto un secolo prima nel Collegio Borromeo di Pavia ad opera del Pellegrini.
Nel mezzo del cortile domina l'opera in bronzo del Canova nota come Napoleone Bonaparte come Marte pacificatore, fusa a Roma nel 1810 sul modello del marmo inviato a Parigi e oggi esposto a Londra. La statua era stata destinata al Palazzo del Senato di Milano e, giunta all'Accademia nel 1813, rimase in un magazzino fino al 1836, quando fu esposta in una sala dell'Accademia per poi trovare la attuale sistemazione nel 1859; nel 1864 fu inaugurato il nuovo piedistallo, opera di Luigi Bisi.
La Biblioteca d'Arte Contemporanea dell'Accademia, è una delle 24 biblioteche al mondo che posseggono il Trattato di demonologia, Summa verborum, numeri, temporis et spatii[7]di Filippo Biagioli.
^Brescia Musei - 900 Mai Visto. Fuori dal quadro, su bresciamusei.com. URL consultato il 23 maggio 2018 (archiviato dall'url originale il 9 dicembre 2021). Bisogna comunque ricordare la presenza a Milano fin dal Seicento di un'Accademia (chiusa poi proprio a fine Settecento) presso la Pinacoteca Ambrosiana
^Storia, su brera.beniculturali.it. URL consultato il 19 luglio 2015 (archiviato dall'url originale il 4 marzo 2016).
^ Giovanna D'Amia, L'isola degli artisti: un laboratorio del moderno sul Lago di Como, Mimesis, 2005, ISBN88-848-3351-5.
AA.VV., Giovanni di Balduccio Architetto in Brera, in Storia di Milano, Vol. V, Fondazione Treccani degli Alfieri, Milano, 1960.
Agosti C., Ceriana M., Le Raccolte Storiche dell'Accademia di Brera, Collana Quaderni di Brera, Ed. Centro Di, Milano, 1997.
Maria Teresa Binaghi Olivari, La Pinacoteca di Brera – Dipinti Provenienti dalla Chiesa di Santa Maria di Brera, Ed. Bonechi, Firenze, 1983.
Nenci C. a cura di, Le Memorie di Giuseppe Bossi. Diario di un artista nella Milano napoleonica 1807-1815, Jaca Book, Milano, 2004.
Angela Ottino Della Chiesa, I Quadri della Pinacoteca di Brera in Deposito Presso le Chiese di Milano, in Brera Dispersa, Ed. Cariplo, Milano, 1984.
Diego Sant'Ambrogio, Ricerche Intorno alla Distrutta Chiesa e Facciata di Santa Maria di Brera, in A.S.L., Milano, 1891.
Aurora Scotti Tosini, Brera 1776-1815. Nascita e Sviluppo di un'Istituzione Culturale Milanese, Collana Quaderni di Brera, Ed. Centro Di, Firenze, 1979.
Rosalba Tardito, Brera. Storia della Pinacoteca e delle Sue Collezioni, Vol. IV, Ed. Cantri, Milano, 1986.
Roberto Ferrari (a cura di), "Vado a Brera". Artisti, opere, generi, acquirenti nelle Esposizioni dell'800 dell'Accademia di Brera, Associazione artistica e culturale Emilio Rizzi e Giobatta Ferrari, Brescia 2008.
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