Osteggiato dalla Chiesa della Controriforma, praticava l'uso della flagellazione tramite appunto la disciplina. Inizialmente si dedicavano esclusivamente al culto dei morti ed alla espiazione dei propri peccati, di seguito ebbero anche responsabilità amministrative. Erano composti da artigiani e mercanti che esprimevano lo spirito di solidarietà.
Ospedale di Santa Maria Maggiore, del 1256, eretto a porto.
Nel 1285 costituirono il "Consorzio di Santa Maria della Cornetta", che ebbe lo scopo di assistere i miserabili dei vari quartieri della città.
Alla fine del XIII secolo venne fondata la "Confraternita della Misericordia", grazie al consenso del vescovo Giacomo Benfatti, appartenente all'ordine dei Domenicani, che si prese cura degli appestati e dei sofferenti. Nelle parrocchie appartenenti alla diocesi di Brescia il vescovo Domenico Bollani esortava i fedeli a rivitalizzare i princìpi delle confraternite.
Grazie al cardinale Carlo Borromeo, nella prima metà del XVI secolo, le confraternite ebbero nuovo impulso.
