Dopo la laurea in lettere moderne all'Università degli Studi di Pavia, con una tesi di Filologia medievale e umanistica su Giasone del Maino (relatore Cesare Bozzetti), vi ha conseguito il dottorato in Filologia Moderna con una tesi dal titolo “Figurando il Paradiso”: metafora religiosa e vita materiale nella letteratura italiana dalle origini fino a Dante. Si è poi perfezionato a Ginevra sotto la guida di Guglielmo Gorni.
Ha esordito nella narrativa nel 1999 con il romanzoDiario di bordo della rosa, con una nota di Michele Mari (il romanzo ha avuto una seconda edizione, accresciuta, nel 2014). Fra i temi affrontati nei suoi libri si va dal vampirismo in chiave storica con L'eterna notte dei Bosconero al memoir con Il tai e l'arte di girovagare in motocicletta. La morte del poeta e amico Simone Cattaneo gli ispira una moderna riscrittura de La vita agra di Luciano Bianciardi: Aspetta primavera, Lucky (candidato al Premio Strega 2011). La scelta di dare il libro a un piccolo editore risponde a una precisa prassi.[10] Da segnalare anche la raccolta di racconti La guerra civile in Italia. Santi compare nelle due antologie generazionali di Mondadori: come poeta per Nuovissima poesia italiana (2004) e come prosatore per A occhi aperti (2008).
Paolo Giovannetti, Modi della poesia italiana contemporanea. Forme e tecniche dal 1950 a oggi, Carocci, Roma, 2005, pp. 101, 139.
Franca Grisoni, La poesia di Flavio Santi, in “C&D. Città e Dintorni”, n. 72 (2000), pp. 87-88.
Guido Mazzoni, "Italianistica" n. 3 (2006), pp. 175-76.
Giovanni Nadiani, Dalla dolce vita alla vita agra. La figura del traduttore in Italia tra cinema, letteratura e Rete come paradigma dell'intellettuale precario ed emarginato: dall'anonimo personaggio di Luciano Biancardi a Fulvio Sant, in «Testo a fronte» n. 47 (2012), pp. 60–63.
Intervista di Mauro Querci, E lasciatemi divertire con la letteratura!, "Panorama", 20 ottobre 2021.
Enzo Siciliano, Recensione a Il ragazzo X, «L'Espresso», 3 febbraio 2005.
Andrea Tarabbia, “Ore Piccole”, n. 8 (2008), pp. 95-96.
Giovanni Tesio, Prefazione a Asêt, La barca di Babele, Meduno 2004, pp. 7–9.
Emanuele Trevi, Un clone di Giacomo Leopardi, prefazione a Mappe del genere umano, Scheiwiller, Milano 2012, pp. 9–13.
G.M. Villalta, prefazione a Spinzeris, in Sesto quaderno italiano, Marcos y Marcos, Milano, 1998, pp. 205-207.
Fabio Zinelli, Flavio Santi in La parola plurale. Sessantaquattro poeti italiani tra due secoli, Sossella, Roma 2005, pp. 1075–1084. ISBN 978-88-87995-91-6
Wu Ming 1, New Italian Epic, Einaudi, 2009, p. 80.