Marcos giocò dal 1992 nel Palmeiras, unico club in cui ha militato in tutta la sua carriera, diventandone portiere titolare nel 1999, in seguito ad un infortunio subito da Velloso. Grazie anche alle sue prestazioni nella Coppa Libertadores del 1999 (in particolare nella sfida ai calci di rigore nei quarti di finale contro il Corinthians), contribuì alla vittoria finale del torneo da parte del Palmeiras. Nel 2002, dopo il trionfo ai Mondiali, ricevette un'offerta di ingaggio - mai portata a termine - da parte dell'Arsenal. Sempre nello stesso anno subì il primo di una serie di infortuni, che minacciarono il prosieguo della sua carriera calcistica. Nel 2003 aiutò il Palmeiras, retrocesso nel Campeonato Brasileiro Série B, a vincere il campionato e a riportarlo in massima serie. Il 4 gennaio 2012 si è ritirato dal calcio giocato dopo 20 anni di carriera agonistica.
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