Allbäck inizia la carriera professionistica con l'Örgryte. Dopo cinque anni decide di provare esperienze altrove: in Danimarca con il Lyngby - 4 presenze e una rete - e in Italia con il Bari - 24 presenze e 0 reti. Ritorna poi in Svezia al suo primo club.
Dal 2000 al 2004 gioca in due diverse squadre, Heerenveen e Aston Villa - due stagioni con ognuna di esse - senza grandi picchi in alto o in basso, prima che avvenga il suo passaggio in Germania con l'Hansa Rostock. Qui non vive una stagione molto felice, sia dal punto di vista personale (4 gol in 23 presenze), sia da quello della squadra, che retrocede in serie B.
Nell'estate del 2005 il trentaduenne Allbäck firma con i danesi del Copenaghen. Il 1º novembre 2006 realizza il primo gol di sempre nelle competizioni UEFA del Copenaghen (nonché anche il suo primo personale) nella vittoria 1-0 sul Manchester United. Si ripete contro il Benfica e contro il Celtic. Al termine della stagione 2006-07 viene nominato dai tifosi danesi Giocatore dell'anno anche grazie agli 11 gol segnati, i quali hanno contribuito alla vittoria del secondo titolo consecutivo da parte del Copenaghen.
La sua positiva esperienza in Danimarca termina il 1º luglio 2008 dato che nello stesso mese torna al suo primo club, l'Örgryte. Annuncia il ritiro dal calcio giocato al termine dell'Allsvenskan 2009, culminata con la retrocessione dei rossoblu in seconda serie.