Nella finale di ritorno della Coppa Libertadores 2008, svoltasi allo stadio Maracanã di Rio de Janeiro, Thiago Neves segna una tripletta alla Liga Deportiva Universitaria, ma questo non basta alla Fluminense per aggiudicarsi il titolo, perso alla lotteria dei calci di rigore, sbagliando l'ultimo e decisivo penalty.
Passa all'Amburgo nell'estate del 2008 disputando solo 6 gare senza nessun gol, tant'è che il 31 gennaio 2009 viene ceduto ai sauditi del Al-Hilal per 7 milioni di euro che il 4 febbraio del 2009 lo rigirano in prestito al Fluminense per sei mesi. Il 7 gennaio 2012 passa a titolo definitivo al Flamengo. L'8 giugno 2015 passa ufficialmente agli arabi dell'Al-Jazira per 11 milioni di €.[9]
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