W 1982 ukończył studia na Wydziale Filozoficzno-Historycznym UJ (seminarium Władysława Serczyka). Od stycznia 1983 związany jest z Instytutem Historii PAN w Warszawie (Zakład Historii Europy XIX i XX wieku), gdzie przygotowywał rozprawę doktorską (obronioną w 1990, promotorka: Wiktoria Śliwowska). W latach 1987–1991 był bibliotekarzem w Bibliotece Jagiellońskiej. Od 1991 jest zatrudniony na etacie w Instytucie Historii PAN w Warszawie, gdzie przygotował rozprawę pt. Polityka wschodnia Józefa Piłsudskiego 1918–1920, która wraz z dorobkiem naukowym była podstawą nadania mu w 2002 stopnia naukowego doktora habilitowanego. W Instytucie Historii PAN kieruje od 2002 Pracownią Dziejów ZSRR i Europy Wschodniej[3]. Obecnie jest kierownikiem Zakładu Historii Europy Wschodniej i Studiów nad Imperiami XIX i XX wieku w IH PAN.
Od 1980 zaangażowany w działalność publicystyczną. Najpierw, w latach 1980. w ramach tzw. drugiego obiegu, poświęconą głównie stosunkom Polski z jej wschodnimi sąsiadami (współpracował m.in. z „Arką”, „Miesięcznikiem Małopolskim”, „Alternatywami”, „Tumultem”). Od 1988 do 1991 sekretarz redakcji, a w latach 1991–1994 redaktor naczelny wywodzącego się z „podziemia” dwumiesięcznika „Arka”; od 1994 do 2012 redaktor naczelny dwumiesięcznika kulturalno-politycznego „Arcana” (do końca 2012 – 108 numerów)[9]. W latach 1989–1991 dziennikarz w dziale międzynarodowym dziennika „Czas Krakowski”; ukończył kurs dziennikarstwa międzynarodowego w agencji Reutera w Londynie w 1990. Od 1989 publikuje artykuły, wywiady i komentarze na łamach m.in. „Rzeczpospolitej”, „Dziennika” i jego dodatku „Europa”, „Naszego Dziennika”, „Gazety Polskiej”, „Gościa Niedzielnego”, „Tygodnika Solidarność”, „Wprost”, „Niedzieli”, „Znaku”, „Życia”. Prezes Rady Nadzorczej Spółki Polskie Radio Kraków SA (1993–1995); członek Rady Programowej Polskiego Radia SA w Warszawie od 1997 do 2001. Jako ekspert do spraw polityki wschodniej zapraszany często do programów telewizyjnych.
W 2014 nakładem wydawnictwa Biały Kruk ukazał się pierwszy tom „Dziejów Polski” Nowaka, dotychczas (stan: listopad 2024) ukazało się sześć tomów opisujących historię Polski do 1673.
Od lutego 2016 współprowadził cotygodniowy program „Historia żywa” na antenie Pierwszego Programu Polskiego Radia[13]. W lutym 2024 rozgłośnia zakończyła współpracę z profesorem, a audycja ta została usunięta z ramówki[14]. W styczniu 2019 został publicystą tygodnika „Do Rzeczy”[15] W sierpniu 2023 zakończył współpracę z tym tygodnikiem[16].
11 listopada 2019 prezydent Andrzej Duda odznaczył Andrzeja Nowaka Orderem Orła Białego w uznaniu za wybitne działania na polu historii, za propagowanie wartości patriotycznych oraz monumentalne „Dzieje Polski”[2].
16 listopada 2020 Andrzej Nowak otrzymał Nagrodę Mediów Publicznych w kategorii „Słowo” za „Dzieje Polski”. Głoszący laudację Krzysztof Masłoń stwierdził, że „dzieje Polski są najważniejszą polską książką po 1989”[17]. W tym samym roku, 14 grudnia, Andrzej Nowak został uhonorowany Złotym BohaterONem w kategorii osoba publiczna, przyznawanym przez Polskie Radio[18].
W październiku 2024 dołączył do redakcji internetowego Kanału Zero, gdzie prowadzi swój autorski cykl historyczny[19][20].
W 2018 stwierdził, że Jarosław Kaczyński „przyjął na siebie odpowiedzialność (…) za miejsce Polski w politycznym krajobrazie Europy i świata”[22].
W niedzielę 24 listopada 2024 w krakowskiej hali Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół” w Krakowie, podczas Kongresu Obywatelskiego zorganizowanego przez Prawo i Sprawiedliwość, oficjalnie ogłosił, że kandydatem bezpartyjnym, popieranym przez to ugrupowanie został dr Karol Nawrocki, prezes Instytutu Pamięci Narodowej. Przedstawił również jego życiorys i dokonania, odnosząc się do wydarzeń historycznych, jak i współczesnej sytuacji geopolitycznej Polski[23][24]. Prof. Nowak został również tego dnia ogłoszony przewodniczącym Obywatelskiego Komitetu poparcia Karola Nawrockiego. W dniu swojej inauguracji liczył on 170 osób. Komitet ten wystosował list do władz Prawa i Sprawiedliwość, w którym jego sygnatariusze wyrazili wsparcie dla kandydata popieranego przez tę partię. Oprócz byłych polityków PiS i osób w przeszłości związanych z tą formacją polityczną do komitetu przystąpili m.in.: prof. Jan Żaryn, prof. Jerzy Żyżyński, prof. Przemysław Żurawski vel Grajewski, prof. Józef Oleński i dr Tomasz Żukowski[25][26].
W dorobku publikacyjnym A. Nowaka znajdują się m.in.[29]:
Między carem a rewolucją. Studium politycznej wyobraźni i postaw Wielkiej Emigracji wobec Rosji 1831–1849, Wydawnictwo Instytut Historii PAN i Warszawska Oficyna Wydawnictwo Gryf, Warszawa 1994.
Jak rozbić rosyjskie imperium? Idee polskiej polityki wschodniej 1733–1921, Warszawska Oficyna Wydawnictwo Gryf, Warszawa 1995.
Dzieje kresów, Wydawnictwo Kluszczyński, Kraków 2000, ISBN 83-7447-049-6.
Polska i „trzy” Rosje. Studium polityki wschodniej Józefa Piłsudskiego (do kwietnia 1920 roku), Wydawnictwo Arcana, Kraków 2001.
Kronika Polski, pod red. A. Nowaka, Wydawnictwo Kluszczyński, Kraków 1997. (wyd. 2 w 2001, wyd. 3 w 2005)
Polacy, Rosjanie i biesy. Studia i szkice historyczne z XIX i XX wieku, Wydawnictwo Arcana, Kraków 1999.
Od imperium do imperium. Spojrzenia na historię Europy Wschodniej, Wydawnictwo Arcana, Kraków 2004.
Powrót do Polski, Wydawnictwo Arcana, Kraków 2005.
Poland. Landscape, Art, History, Wydawnictwo Kluszczyński, Kraków 2005.
Jan Paweł II – biografia ilustrowana, Wydawnictwo R. Kluszczyński, Kraków 2001.
Ab Imperio. Nowe spojrzenia na historię Europy Wschodniej, Wydawnictwo Arcana, Kraków 2004.
Powrót do Polski. Szkice o patriotyzmie po “końcu historii”, Wydawnictwo Arcana, Kraków 2005.
Karol Wojtyła – Jan Paweł II. Kronika życia i pontyfikatu, Wydawnictwo Kluszczyński, Kraków 2005. (wyd. również w jęz. ang. pt. John Paul II 1920–2005 Illustrated Biography)
Historie politycznych tradycji, Wydawnictwo Arcana, Kraków 2007.
Historie politycznych tradycji. Piłsudski, Putin i inni, Wydawnictwo Arcana, Kraków 2007.
History and Geopolitics. A Contest for Eastern Europe, Wydawnictwo Polski Instytut Spraw Międzynarodowych, Warszawa 2008.
Polska i trzy Rosje. Studium polityki wschodniej Józefa Piłsudskiego, Wydawnictwo Arcana, Kraków 2008.
Ofiary, imperia i historycy (od XVIII do XXI wieku), Wydawnictwo Arcana, Kraków 2009.
Jan Paweł II 1920–2005. Ilustrowana biografia, Wydawnictwo Kluszczyński, Kraków 2010.
Ojczyzna Ocalona. Wojna sowiecko-polska 1919–1920, Wydawnictwo Biały Kruk, Kraków 2010.
Imperium a ti druzi. Rusko, Polsko a moderni dĕjiny východni Evropy, wydawnictwo CDK, Brno 2010.
Od Polski do post-polityki. Intelektualna historia zapaści RP, Wydawnictwo Arcana, Kraków 2010.
Hołd Katyński II (esej: Sens polskiej pamięci), Wydawnictwo Biały Kruk, Kraków 2011.
Czas walki z Bogiem. Kościół na straży wolności Polaków, Wydawnictwo Biały Kruk, Kraków 2011.
Krzyż polski. Patriotyzm i męczeństwo (esej: Wolność krzyżami się mierzy), Wydawnictwo Biały Kruk, Kraków 2011.
Imperiological Studies. A Polish Perspective, Wydawnictwo Societas Vistulana, Kraków 2011.
Strachy i Lachy. Przemiany polskiej pamięci, Wydawnictwo Biały Kruk, Kraków 2012. Krytyka: Александр Федута. Память раненого поколения // Перекрёстки. Журнал исследований восточноевропейского Пограничья. 2012. № 3–4. С. 371–376.
Dzieje Polski. Skąd nasz ród, t. 1, Wydawnictwo Biały Kruk, Kraków 2014.
Uległość czy niepodległość, Wydawnictwo Biały Kruk, Kraków 2014.
Wygaszanie Polski 1989–2015, Wydawnictwo Biały Kruk, Kraków 2015.
Order Orła Białego w 2019 w uznaniu znamienitych zasług w upowszechnianiu wiedzy historycznej i propagowaniu wartości patriotycznych, za osiągnięcia w dziedzinie nauk humanistyczno-społecznych i popularyzowanie polskiej myśli naukowej na świecie[2][32].
↑Postanowienie nr 1131.9.2016 Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 27 czerwca 2016 r. o powołaniu członków Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu (M.P. z 2016 r. poz. 679).