O ramal foi construído entre 1966 e 1971 pela empresa J.Cardoso de Almeida Sobrinho Engenharia e Construções S/A (atual Ferreira Guedes/Grupo Agis) para atender ao projeto do Anel Ferroviário de São Paulo (correspondendo ao Trecho Leste deste), proposto pela FEPASA e Rede Ferroviária Federal (RFFSA), com o objetivo de evitar o compartilhamento da malha ferroviária entre os trens urbanos de passageiros e os trens de cargas que vêm do Ramal de São Paulo e seguem para o porto de Santos. Com 31 km de extensão, a EF-479 foi inaugurada em 4 de agosto de 1971. Sua construção custou NCr$ 23.500.000,00 à época.[2][3]
Sem este ramal, os cargueiros teriam que seguir pelo Ramal de São Paulo até a Estação Brás para acessar a Linha Santos-Jundiaí e daí seguir em direção ao porto, utilizando grandes trechos que formam a malha dos trens urbanos de passageiros, atualmente da CPTM.
Por conta dos conflitos gerados pelo compartilhamentos, em 2014 a concessionaria MRS Logística concluiu a chamada Segregação Leste, uma linha de 12 km de extensão, que segue paralela aos trilhos da CPTM entre a Estação Engenheiro Manoel Feio e a Estação Suzano, sendo exclusiva para trens cargueiros, eliminando o compartilhamento. A Segregação Leste passou a ser uma "extensão" da EF-479 até o início da Variante do Parateí, em Itaquaquecetuba.[4]
↑J.Cardoso de Almeida Sobrinho Engenharia e Construções S/A (8 de agosto de 1971). «Anúncio publicitário». Folha de S.Paulo, ano LI, edição 15393, página 7. Consultado em 25 de abril de 2019