Командующий Черноморским флотом (15 апреля 2013 — 14 мая 2018). Заместитель Главнокомандующего ВМФ (2018—2019). Начальник Главного штаба ВМФ — первый заместитель Главнокомандующего ВМФ (13 декабря 2019 — 5 октября 2021). Активный участник российской аннексии Крыма 2014 году.
С 1984 года проходил службу на Тихоокеанском флоте помощником командира и командиром ракетного катера. С 1991 по 1992 год служил начальником штаба, а с 1992 по 1996 год — командиром 2-го гвардейского дивизиона ракетных катеров. С 1996 по 1998 год — начальник штаба — заместитель командира 47-й бригады кораблей охраны водного района. В 1998 году назначен начальником штаба, а с 2000 года — командиром 165-й бригады надводных кораблей. В 2004—2005 годах — заместитель командующего Приморской флотилией разнородных сил. В 2005 году назначен начальником штаба, а с 13 ноября 2006 года приказом Министра обороны Российской Федерации № 1170 — командующим войсками и силами на Северо-Востоке[3][6][7].
В августе 2006 года в должности исполняющего обязанности командующего войсками и силами на Северо-Востоке России руководил крупнейшими в 2006 году учениями на Тихом океане[10], а в апреле следующего года — совместными с МЧС России, МВД России и ФСБ России антитеррористическими учениями[11].
Указом Президента Российской Федерации от 15 апреля 2013 года назначен командующим Черноморским флотом. 13 мая 2013 года на торжествах по случаю 230-летия Черноморского флота Александру Витко был торжественно вручён штандарт командующего Черноморским флотом[2][5].
28 июля 2013 года вместе с командующим военно-морскими силами Украины вице-адмиралом Ю. И. Ильиным принимал совместный российско-украинский морской парад в Севастополе[14]. В октябре 2013 года руководил итоговой проверкой отдельной ракетно-артиллерийской бригады, в ходе которой особое место было уделено вопросам освоения новых видов вооружения, проходящих заключительный этап войсковых испытаний на флоте, в том числе противокорабельного ракетного комплекса «Бастион»[15].
В качестве капитана команды принимал участие в товарищеском футбольном матче между командами Черноморского флота России и военно-морскими силами Украины, проходившем на стадионе «Металлист» в Севастополе[16].
А. В. Витко на прямой линии с В. В. Путиным. 17 апреля 2014 года
А. В. Витко во время визита В. В. Путина на празднование Дня Победы. Севастополь, 9 мая 2014 года
А. В. Витко вручает знак выпускнику ЧВВМУ. 18 июня 2014 года
А. В. Витко информирует В. В. Путина о ходе строительства пункта базирования ЧФ в Новороссийске. 23 сентября 2014 года
По заявлению Министерства обороны Украины, командующий поставил ультиматум украинским военнослужащим сдаться до 5 часов утра 4 марта 2014 года, угрожая в противном случае штурмом подразделений и частей вооружённых сил Украины по всему Крыму[17]. В штабе Черноморского флота России опровергли сообщения украинских средств массовой информации об ультиматуме командующего и планах штурма воинских частей Украины[18].
19 марта 2014 года предостерёг военно-морские силы Украины от применения насилия[26][27]:
«Хочу предупредить тех и, прежде всего, личный состав ВМС Украины — не дай Бог хоть кто-нибудь даже из рогатки стрельнёт. Спички — это не игрушки. Прошу дословно это понять».
20 марта 2014 года посетил корабль военно-морских сил Украины «Славутич», где, по заявлению Министерства обороны Украины, поставил ультиматум личному составу покинуть корабль и отправиться на материковую Украину или перейти под флаг Черноморского флота России[28].
25 апреля 2016 года Печерский районный суд Киева, по ходатайству Главной военной прокуратуры Украины, выдал разрешение на арест Витко по обвинению в совершении ряда тяжких преступлений. 26 апреля 2016 года объявлен Украиной в розыск[29].
14 марта 2015 года принимал участие в парусной регате «Русская весна 2015», проходившей в акватории Севастопольской бухты в яхт-клубе «Ушакова балка» и посвящённой годовщине аннексии Крыма Россией. Всего в соревновании приняли участие семь экипажей на спортивных яхтах международного класса[33].
14 мая 2018 года освобождён от должности командующего Черноморским флотом и направлен для дальнейшего прохождения службы в Главное командование Военно-Морского Флота Российской Федерации (Санкт-Петербург).
23 июня 2018 года назначен заместителем Главнокомандующего Военно-Морским Флотом[34][35][36]. Указом Президента Российской Федерации № 602 от 13 декабря 2019 года назначен на должность начальника Главного штаба ВМФ России — первого заместителя Главнокомандующего ВМФ России[37][38].
5 октября 2021 года освобождён от занимаемой должности и уволен с военной службы[39].
Орден «За верность долгу» (Крым) (11 мая 2018) — за безупречную службу, добросовестное выполнение своих обязанностей, высокий профессионализм и за высокий личный вклад в развитие полуострова[49];
Знак отличия «За заслуги перед Севастополем» (11 мая 2018) — за личный вклад в возвращение Севастополя в Россию, особые заслуги в развитии Черноморского флота и социально-экономическом развитии города Севастополя, активную деятельность по военно-патриотическому воспитанию молодежи города
Общественные
Медаль «За освобождение Крыма и Севастополя» (17 марта 2014) — за личный вклад в возвращение Крыма в Россию[50];
Памятный знак «Тихоокеанскому флоту 275 лет» (2006).
Других государств
Медаль «20 лет Военно-морским силам Вооруженных сил Украины» (2013)[51].