Le label Fontana est créé en 1956 par PPI afin d'élargir l'éventail de genres et d'artistes offert par Philips Records. Il est utilisé pour la première fois la même année par la filiale française de PPI, la Société Phonographique Philips (S.P.P.), qui souhaite développer la chanson de variétés[1]. Boris Vian, qui est responsable du catalogue jazz à la S.P.P. (sous les ordres de Jacques Canetti le directeur artistique du label Philips en France), participe au lancement du label Fontana. Il en devient son directeur artistique pour la France en mai 1958[2].
En 1957, PPI décide d'utiliser également le label Fontana aux Pays-Bas puis, dans les années qui suivent, dans les autres pays où la maison de disques est présente. Le label est lancé en 1958 au Royaume-Uni[3].
En 1962, Mercury Records, qui vient d'être racheté par PPI, introduit le label Fontana aux États-Unis. Mercury utilise tout d'abord le label pour publier des enregistrements européens de Fontana avant de faire paraître également des disques d'artistes américains sous étiquette Fontana.
En 1998, PolyGram est racheté par le groupe Seagram qui est propriétaire d'Universal Music Group (UMG). L'année suivante, le label Fontana est intégré à UMG.