En juin 1941, il anime avec André Mandouze et Jean-Marie Domenach, Cahiers de notre jeunesse. Revue mensuelle dans laquelle il publie plusieurs articles.
Après son arrestation le , il est exécuté par la Gestapo, place Bellecour à Lyon, le , à l'âge de 24 ans, avec quatre autres résistants, dont Albert Chambonnet.
La fiancée de Gilbert Dru, Denise Jouve, deviendra par la suite l'épouse de Christian Rendu et co-écriront avec Bernard Comte et Jean-Marie Domenach, un livre en sa mémoire : Gilbert Dru, un chrétien résistant.
L’Histoire de l'éducation dans l'Antiquité d'Henri-Irénée Marrou porte en page liminaire : « Ce livre est dédié à la mémoire de Gilbert Dru, étudiant français condamné à mort comme Résistant chrétien par l'Occupant national-socialiste allemand et barbarement exécuté place Bellecour, à Lyon, le 27 juillet 1944, à l'âge de vingt-quatre ans. »
En 1948, la sculpture du Veilleur de pierre, hommage à la Résistance intérieure française, est installée sur les lieux de son exécution à Lyon. Les noms des cinq exécutés du sont gravés sur le mur.
Un collège, ouvert en 2005, porte son nom dans le 3e arrondissement de Lyon, 42 rue Jeanne-Hachette. Une école maternelle et primaire porte également son nom, ainsi qu’une rue dans le 7e arrondissement de Lyon. il y a également une rue Gilbert Dru dans le 2e arrondissement de Marseille, quartier de la Joliette.
Bernard Comte, Jean-Marie Domenach, Christian Rendu et Denise Rendu, Gilbert Dru, Un chrétien résistant, Paris, éd. Beauchesne, coll. « Politiques et chrétiens », , 238 p. (ISBN2701013747, lire en ligne).
